Почему некоторые компании работают только через партнёров, а некоторые только напрямую?

Всё зависит от условий взаимодействия с партнёрами и профитом для обоих.

Быть может, у некоторых компаний мозгов не хватает работать по некоторым направлением напрямую.

Зависит от экономического "климата", который существовал, когда отрасль формировалась.

Автомобильная промышленность, например, в ранний период своей истории (до второй мировой войны) существовала в условиях, когда производители были относительно небольшие, их было относительно много и многие из них далеко не всегда хорошо себя чувствовали с финансовой точки зрения. Кроме того, существовала проблема удаленности производства от рынков сбыта. В этих условиях производители были только рады тому, что находились желающие становиться дилерами и нести связанные с этим капитальные затраты и накладные расходы.

К 1980 году ситуация радикально поменялась -- в США число производителей уменьшилось до трех, в Европе тоже шла консолидация. Производители стали большими (годовые обороты измерялись миллиардами долларов), стабильно прибыльными и кредитоспособными. В этой ситуации производители потенциально могли бы торговать продукцией напрямую, но было поздно -- уже были подписаны тысячи долгосрочных договоров, которые гарантировали независимым дилерам исключительные права на сбыт продукции на определенных территориях. Более того, в некоторых местах дилеры создали отраслевые ассоциации, которые добились принятия законов, запрешающих прямые прдажи автомобилей, а иногда еще и сервиса.

Потом вдруг откуда ни возьмись родилась Tesla. И не просто родилась, а с намерением заниматься прямыми продажами. И оказалось, что в одних только США есть штаты, которые запрещают прямые продажи автомобилей в принципе (а некоторые дополнительно запрещают прямой сервис) и штаты, где производитель может иметь не более определенного числа собственных магазинов (в зависимости от штата это число составляет от двух до шести). На сегодня Tesla разными средствами (судебными процессами, переговорами с законодательными собраниями и т. п.) добилась того, что 12 штатов отменили ограничения на прямые продажи. Соответственно, полные запреты на прямые продажи сейчас существуют в десяти штатах (причем три из них запрещают также прямой сервис), а ограничения на количество магазинов -- в восьми.

В других отраслях -- свои собственные приколы...

Прежде всего это зависит от рентабельности. Предположим Вы выпускаете качественные подшипники. Да, они популярны и востребованы на рынке, но будут ли окупаться офисы и склады? Нет! Поэтому прежде всего нужно смотреть на эту сторону вопроса. Известная во всем мире Varta работает у нас только через партнеров. Во-вторых, это может быть стратегией компании. К примеру так некоторые компании прощупывают почту на новых рынках. Заходят через партнеров, а потом подминают под себя. Так на наш рынок заходила ТМ Canon. И третий вариант это франшиза. Вы раскручиваете бизнес в одной точке, вкладываетесь в рекламу и продаете свое имя. Тем самым Вы не вкладываетесь в расходы и минимизируете риски.