Сколько процентов составляет подоходный налог?

Вас обманывают.
Скорее всего, Вы не оформлены официально или имеете серую зарплату.
В трудовом договоре прописан тот уровень заработной платы, из которого потом вычитается 13%.
Получившаяся сумма - это Ваша сумма полность.
Больше ничего не вычитается. Наоборот, работодатель должен накидывать сверху этой зарплаты необходимые выплаты и выплачивать их в фонды.
Ваша задача - либо получить трудовой договор на руки с прописанной суммой, либо обязать работодателя заключить его с Вами.
Но если в вас серая зарплата, то работодатель может поступать, как ему удобнее. Но в таких компаниях не стоит работать.
А объяснять стоит путем разговора. Ссылаться нужно на ТК РФ. Хотя естественно, работодатель знает, что он поступает не правильно, и расчитывает на Вашу безграмотность и незнание своих прав.

Можно показать ст. 236 НК РФ: объектом налогообложения по ЕСН признаются выплаты и иные вознаграждения, начисляемые налогоплательщиками в пользу физических лиц по трудовым и гражданско-правовым договорам, предметом которых является выполнение работ, оказание услуг.
Тут сказано, что работодатель платит за сотрудника.

На основании п. 4 ст. 226 НК РФ налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму НДФЛ непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.

Из вашей зарплаты должен вычитаться только подоходный налог.
А все остальные налоги начисляются на вашу зарплату и платяться работодателем из его денег. На вашей зарплате это не должно отражаться.

Не знаю как у вас в России... но у нас в Казахстане 10%

13% от суммы прописанной в приказе, т. е. той суммы за которую вы расписываетесь. И учтите, что каждый год вы пишите заявления на налоговый вычет.

Зарплата 20 тыс с вычетом на руки получаю 14-900 правомерно ли это?

13% от облагаемой суммы заработной платы! А вычеты в пенсионный фонд производятся за счет работодателя и вычет их из зарплаты противозаконен!