Из-за чего не ставят штам об отказе по шенгену ?

Причины отказа в вашем случае могут быть такие:
1. Возникли сомнения в цели посещения стран ЕС. Есть предположения, что указанная цель путешествия не соответствует действительности. Вы молодая девушка, скорей всего, не замужем, без детей. До и вы сами указали, что у вас "чистый" паспорт, даже отметок о посещении безвизовых стран (Турция, Израиль и т..) у вас нет. Консульства это обычно настораживает, вдруг у вас цель остаться в Шенгенской зоне нелегально и заниматься сомнительным бизнесом. Извините, но это никак не касается лично вас, это всего лишь частые домыслы визовых офицеров.
2. Визовые офицеры не нашли в предоставленных вами, документах, достаточных оснований для вашего возвращения на Родину. Тут может помочь наличие в вашей собственности движимого или недвижимого имущества (достаточно предоставить ксерокопии документов).
3. Как вариант - попробовать получить визу в Консульстве Испании, там более лояльны при выдаче визы. Но это при условии, что все остальные документы у вас в полном порядке и на собеседовании вы внятно можете объяснить цель поездки - туризм, с перечислением хотя бы пары-тройки достопримечательностей, которые вы намерены посетить в стране пребывания.

Когда-то читал, что службы безопасности в посольствах европейских стран каким-то образом "пробивают", был ли человек в Крыме. И если да, то отказывают в визе без указания причин.

Документы не правильно заполнены, либо не все доки или данные предоставлены