Кто называл города?

Названия городам давали их жители, первопоселенцы.
Иногда впоследствии города переименовывались.

Странные сочетания?

Омск — изначально Омский острог — назван по реке Омь, при впадении которой в Иртыш расположен. Что тут странного?
Гидроним Омь объясняют из языка барабинских татар со значением "тихая".

Аналогично Томск назван по реке Томь.

Магадан — этимология спорна. Вероятнее всего, из эвенского 'монгодан' — "морские наносы; ппавник". Так называлась одна из рек, протекавших близ места воникновения города.

Город Уфа тоже назван по реке, поскольку построен в месте впадения реки Уфы в реку Белую. Понятно, что гидроним Уфа — не русский, но в каком языке он возник и что означал, достоверно не известно.

Многие названия — столь древние, что определить их исходное значение не представляется возможным. Один из примеров — Москва. Несомненно лишь одно — что и здесь город назван по реке. По поводу же названия реки существуют несколько гипотез — балтийская, славянская, финно-угорская и другие.

Объяснения названий городов и прочих географических объектов можно найти в топонимических словарях.

Люди называли. Почему именно так назвали, надо каждый город поотдельности смотреть. Можно в Википедии.

В основе названий городов -- древнейшие корни.
Например, Москва происходило последовательно от По-С-ква, Где Сква -- однокоренное со словом "скверна", а это слово пра-исходит от древнего слова, родственного слову "коверкать".

Многие города брали свое название от названия более ранних поселений на их территории, иногда от названия местности на местных языках.

ну видимо выкрикивали, первое что придёт в голову, и так и получили названия городов

Возможно в давние времена были какие-то слова, вышедшие из современного употребления. Вот, наверно, так и называли.