Какая файловая система лучше на флеш накопителе?

NTFS мой выбор, копирование и перемещение файлов в миг!

NTFS - сейчас флешки больше, чем на 2 гига есть

FAT
Дабы не столкнуться со старыми версиями винды, юховыми системами без права записи, етц.
Собственно, флэшки, по умолчанию, и идут в FAT'e
Если работаете только с виндой, то ntfs

На 16gb конечно же NTFS.

NTFS (от англ. New Technology File System — «файловая система новой технологии» ) — стандартная файловая система для семейства операционных систем Microsoft Windows NT.

NTFS заменила использовавшуюся в MS-DOS и Microsoft Windows файловую систему FAT. NTFS поддерживает систему метаданных и использует специализированные структуры данных для хранения информации о файлах для улучшения производительности, надёжности и эффективности использования дискового пространства. NTFS хранит информацию о файлах в Master File Table (MFT). NTFS имеет встроенные возможности разграничивать доступ к данным для различных пользователей и групп пользователей (списки контроля доступа — ACL), а также назначать квоты (ограничения на максимальный объём дискового пространства, занимаемый теми или иными пользователями) . NTFS использует систему журналирования для повышения надёжности файловой системы.

NTFS разработана на основе файловой системы HPFS (от англ. High Performance File System — высокопроизводительная файловая система) , создававшейся Microsoft совместно с IBM для операционной системы OS/2. Но, получив такие несомненно полезные новшества как квотирование, журналируемость, разграничение доступа и аудит, в значительной степени утратила присущую прародительнице (HPFS) весьма высокую производительность файловых операций.

Различают несколько версий NTFS: v1.2 используется в Windows NT 3.51 и Windows NT 4.0, v3.0 поставляется с Windows 2000, v3.1 — с Windows XP, Windows Server 2003, Windows Vista и Windows Server 2008.

с большим объёмом лучше ntfs

Спрашивали тут уже, юзай mwfix