Папки на флешке превратились в ярлыки

Это же прекрасно!! !
У тебя на компе и на флешке- НЕМЕРЯННО вирусов!! !
Плюс, отсутствует антивирус.

0. Проще и вернее всего скачать утилитку антиавторан и запустить.
1. Запустить проводник, включить показ скрытых и системных файлов: "Сервис" - "Свойства папки" - снять галку "Скрывать защищенные системные файлы" и отметить "Показывать скрытые файлы и папки".

2. Просмотреть корневые каталоги всех разделов на жестких дисках и всех имеющихся съемных дисков ), а также папку Windows\System32 и удалить там все файлы с именем autorun и любым расширением. Важно: открывать указанные места исключительно щелчком в левой части окна проводника, в дереве каталогов, а не двойным по иконке диска, ибо в последнем случае, открывая зараженный диск, опять заражаете комп.

3. Запустить редактор реестра (Пуск - Выполнить - regedit.exe) и сделать две вещи:

а) Раскрыть ключ
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows NT/Current Version/Winlogon
и проверить значение параметра Userinit. В нем должно быть C:\WINDOWS\system32\userinit.exe, и ничего более.
(Если система у вас установлена в другой раздел или папку, вместо C:\WINDOWS будет путь вашей системной папки) .

б) Удалить целиком ключ
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/Current Version/Explorer/MountPoints2.

Последний пункт повторить для всех пользователей системы, затем перезагрузиться. все остальное если возникнут проблемы потом.

Проверьте флешку и систему нормальным антивирусом (DrWeb CureIt например), включите отображение скрытых папок и файлов через Панель управления (Свойства папки) -если не поможет откройте флешку через какой нибудь файловый менеджер (Total Commander,Free Commander и так далее). Удачи! http://biblprog.org.ua/ru/freecommander/

замени на папки, если это так важно