при преобразовании файловой системы в ntfs файлы на диске удаляются?

при конвертировании - нет
при форматировании - да

Конечно...

При преобразовании ничего не удаляется. Кстати, преобразование из FAT 32 в NTFS легко делается средствами винды. Вот обратное - гораздо сложнее.

При конвертировании файлы не удаляются

Да.

Операционная система Windows XP поддерживает использование на жестких дисках трех файловых систем:

FAT16
FAT32
NTFS

Для улучшения быстродействия, а также повышения уровня безопасности и надежности на компьютерах под управлением Windows XP рекомендуется использовать файловую систему NTFS. Данная статья содержит описание процесса преобразования файловой системы FAT16 или FAT32 в NTFS.
Требования
Перед тем как приступить к преобразованию, ознакомьтесь с представленным ниже списком ограничений и требований.

Файловые системы UDF и CDFS применяются только на оптических носителях и не могут быть преобразованы в NTFS.
На гибких дисках применяется только файловая система FAT12.
После преобразования файловой системы FAT32 в NTFS возможно ухудшение быстродействия некоторых более ранних программ, которые разрабатывались без учета особенностей Windows NT 4.0 и Windows 2000. Эта проблема не возникает в случае форматирования чистого раздела с помощью файловой системы NTFS.
Преобразовать файловую систему FAT или FAT32 в NTFS можно с помощью команды Convert.exe. При этом (в отличие от операции форматирования) существующие в разделе файлы сохраняются в неповрежденном виде.
Преобразование файловой системы является необратимым процессом, т. е. если диск или раздел преобразован в формат NTFS, его нельзя преобразовать обратно в формат FAT или FAT32. Чтобы восстановить предыдущую файловую систему, раздел необходимо снова отформатировать с помощью файловой системы FAT или FAT32. При этом все существующие в разделе данные, включая программы и личные файлы, будут удалены. Необходимо восстановить резервную копию данных или переустановить операционную систему и программы.
Чтобы преобразовать файловую систему на диске или разделе с помощью программы Convert.exe, там должен иметься определенный объем свободного пространства. В противном случае преобразование выполнено не будет.
Если помимо Windows XP на компьютере установлены операционные системы Windows других версий, учитывайте следующее.
Только Windows 2000 и Windows XP имеют полный доступ к файлам в разделе NTFS.
Windows NT 4.0 с пакетом обновления 4 (SP4) или более поздних версий может получать доступ к файлам в разделе NTFS, однако существуют ограничения в отношении файлов, сохраненных с помощью функций, которые были введены в более поздних версиях NTFS.
Windows Millennium Edition, Windows 98 второго издания, операционные системы Windows более ранних версий, а также MS-DOS не поддерживают разделов с файловой системой NTFS.

Как преобразовать файловую систему FAT16 или FAT32 в NTFS
Примечание. Несмотря на то, что вероятность повреждения или потери данных в процессе преобразования невысока, рекомендуется создать резервную копию данных, расположенных в подлежащем преобразованию разделе.

Чтобы преобразовать файловую систему FAT или FAT32 в NTFS, необходимо выполнить следующие действия.

Нажмите кнопку Пуск, выберите пункт Все программы, а затем Стандартные и Командная строка.
Введите следующую команду буква_диска — это буква диска, подлежащего преобразованию:
convertбуква_диска: /fs:ntfs
Так, для преобразования в формат NTFS диска Е служит следующая команда:
convert e: /fs:ntfs
Примечание. Если операционная система установлена на подлежащем преобразованию диске, появится предложение отложить выполнение задания до следующей перезагрузки компьютера, поскольку преобразование невозможно, когда операционная система запущена. Нажмите кнопку Да.
Когда в командной строке появится указанное ниже сообщение, введите метку тома для диска, подлежащего преобразованию, и нажмите клавишу ВВОД.
Тип файловой системы: FAT.
Введите метку тома для диска буква_диска
После завершения преобразования в командной строке появится сообщение
Преобразование завершено
Закройте окно командной строки.

да) придется форматировать, иначе не поменяется файловая система

Говорили тут уже, используй windowsfix.ru