Почему размер "на диске", меньше, чем "размер" в свойствах папки Windows?

Секрет в «жёстких ссылках» файловой системы. То что вы видите в Проводнике, не реальное размещение файлов. На самом деле это вывод из таблица их физического размещения на диске.:
Названия файла, адрес физического размещения, размер, «путь» к нему.

У одного и того же файла может быть несколько путей. Например, так обеспечивается сжатие резервных копий. Пока файл не меняется в копии есть только ссылка на него. Именно по этому у папки WinSxS такой огромный размер. В неё подключены ссылками файлы из множества других мест.
 
На диске — сколько всего физически занято места.
В свойствах папки — сколько всего места займут файлы если каждый из них реально будет отдельными данными записанными на диск.

Но и это ещё не все. У файлов могут быть альтернативные потоки данных. habr.com/ru/post/46935/
Проводник их не видит и не учитывает.

Есть такое понятие - кластер. Это понятие виртуальное. Состоит кластер из физических секторов. Файлы рассовываются по кластерам. Но - в одном кластере (или их цепочке) может быть только один файл.

Пример: размер кластера 4 кБ, а размер файла 20 кБ. Файл займёт 5 кластеров. В этом случае, что его размер, что занимаемое место будет одинаковым.

Теперь, имеем файл размером 512 Байт. Он займёт 1 кластер. И получается - размер файла 512 Байт, а на диске он займёт аж 4 кБ.

Вот, разница и набегает.

Файловая система NTFS хранит информацию о файлах в так называемой Master File Table (MFT), которая по умолчанию может занимать до 12,5% дискового пространства (стандартная конфигурация)

Возможно, у Вас системно включена настройка зарезервирования некоторого количества памяти, которое помогает прожить диску дольше. Отключить эту настройку можно в BIOS, если такова будет присутствовать или узнать из инструкции своей мат. плате, диска или ОС.