Как вы считаете, как должна одеваться секретарь начальника отдела? Надо ли носить исключительно юбки и никаких брюк?

А толку тут от моего мнения?
Я вообще считаю, что человек должен ходить в виде приличном (соответствующим должности и месту работы), но ещё и отвечающем его личным параметрам (тип фигуры, рост, здоровье, даже какие-то пристрастия).
Не говоря уже о случаях, когда дресс-код диктуется лично руководителем, а не правилами организации. Это вообще непонятные нормы с потолка.
Есть руководители, которые не любят, допустим браслеты: так они готовы подойти к сотруднику, сорвать этот браслет, разорвать, наорать на сотрудника и уйти. Почему так происходит? Не потому что руководитель плохой. Всё потому, что сотрудники позволяют вытирать о себя ноги и не желают защищать свои права. Начальники этим пользуются. В Западных компаниях есть правила организации, но если сотруднику непосредственный руководитель что-то лишнее впаяет или даже существующие правила попросит исполнять в грубой форме, то сотрудник подаст иск в суд. У нас сотрудник порыдает в туалете и сделает так, как шеф сказал.
Мой вывод: Анна Николаевна - повёрнутая на религии дамочка, пытающаяся переносить своё мировоззрение на рабочее место; секретарша - мямля, не ценящая своё здоровье; НИИ не имеет чётких правил в плане внешнего вида сотрудников или не помнит про них.

а почему нельзя носить, например, брючные костюмы? по-моему, вполне подходит к деловому стилю. Я бы носила.

Я вот только не понял почему если начальница "глубоко православная" то почему она не боится Бога и грешит-навязывая свой стиль другим?
Пусть эта секретарь сходит в церковь к батюшке и спросит. А потом скажет а мне батюшка разрешил- и что тогда эта "глубоко православная" будет петь?)))

Я считаю, что нет смысла нам мусолить эту тему, коль у Анны Николоевны есть по сему поводу вполне конкретное мнение. А прийти может и в брюках, а на работе переодется

а послать душевно эту тетку с ее принципами и носить то,что нравится)

Слово начальника - закон) Юбки тоже разные бывают. Даже строгий деловой стиль можно по-разному обыграть. Кроме юбок, еще есть платья, брюки-юбка, сарафаны и т.д. Я вот знаю в Сбербанке девочек увольняли уже за то, что они смели приходить в жару летом в туфлях с крошечным отверстием на носике. Не положено - и все тут.