Все ли были преступниками? А если нет, то их как то или кто то реабилитировал или всё так и осталось ?

Все были обычными людьми. Это сейчас мы их героизируем, по результату.
Представим - первые месяцы войны. Прут немецкие войска, танки, самолеты, грузовики, все отлично оснащенные, стреляют, утюжат, сытые, одетые...
И у нас - неопытные командиры, неясные команды, отсутствие связи, отсутствие информации. А все еще хорошо помнят и революцию, и гражданскую войну, еще велики настроения в обществе, что будет реванш, вернется царизм или кто-то победит большевиков. И кто-то из людей думал - вот оно и идет, я второго раза за жизнь такого не выдержу, нет смысла сопротивляться, сметет меня эта война, буду спасаться. Что я могу против такой армии.
Кто-то просто физически был слаб, винтовку потерял, ногу вывихнул, голодный, мокрый.
Как у нас Буденный говорил - что эти фашисты! Мои казачки налетят, всех шашками порубают!
Аха… На танки и самолеты - казачки с шашками.
Так что - что считать преступлением. В современной доктрине преступление обязательно имеет в своем составе вину. А вина характеризуется умыслом. Нет вины - нет преступления. Является ли виноватым тот 20-летний пацан, что потерял свое оружие и жрать хочет? Формально - да. Фактически - это так сложились обстоятельства.
Поэтому с квалификацией действий тех бойцов, что не выдержали в каком-то бою или походе, лучше быть осторожнее.
Но судьба страны зависела от того, чтобы люди сделали невозможное, сопротивлялись и выстояли. То есть, делать невозможное - было обязанностью каждого. Это и было - подвигом.
Касательно приговоров. Сейчас у нас в Конституции написано - правосудие осуществляется только судом. Мы как-то привыкли и не знаем иного. А раньше - были варианты. Например, чрезвычайные тройки. Ловят человека, приводят к такой тройке, рассказывают, какой он враг, и без всяких объяснений, адвокатов, оправданий, доказательств, говорят - хоть мы и не знаем воровал ли ты, убивал ли ты, но ты - враг, мы тебя приговариваем. И через 5 минут - расстрел. И вот как хочешь. А в письменном виде приговор - так это в академиях не обучались, неграмотные были, кто-то и писать не умел. Расстреляли контру, да и всё. Что там писать.
А еще были люди с мандатом. То есть - с полномочиями стрелять на месте, именем революции.
И на войне - не всё документировалось. А, значит, не все и реабилитировались. Иногда и некому было вопрос поднимать, если вся семья погибла Но в 50-60е гг. была большая работа по реабилитации многих людей, когда поступала какая-то оправдательная информация. Это не афишировалось, но было.

Такова логика войны. Любой.
не надо подводить сюда романтику и прочую мягкость и свежесть.

В военное время нужна была дисциплина. Так что это неизбежность войны.