Где подаёться исковое заявление на УФМС?

иски подаются по месту нахождения ответчика. В данном случае мировому судье судебного участка, на территории которого находится УФМС по Калининградской области. Никаких исключений из этого правила нет.
Насчёт филиала или представительства. У УФМС не имеется филиалов или представительств. Есть отделы, ни к ним подаётся иск, если он напрямую вытекает из деятельности самого отдела.

на всякий случай цитата из ГПК РФ:
Статья 28. Предъявление иска по месту жительства или месту нахождения ответчика
Иск предъявляется в суд по месту жительства ответчика. Иск к организации предъявляется в суд по месту нахождения организации.
Статья 29. Подсудность по выбору истца
1. Иск к ответчику, место жительства которого неизвестно или который не имеет места жительства в Российской Федерации, может быть предъявлен в суд по месту нахождения его имущества или по его последнему известному месту жительства в Российской Федерации.
2. Иск к организации, вытекающий из деятельности ее филиала или представительства, может быть предъявлен также в суд по месту нахождения ее филиала или представительства.

Ищи в шикомори

Заявление подается по месту нахождения организации. обжалование незаконных действий организации подается по месту нахождения организации, значит если есть филиал организации в городе Гусев, Вам следует обращаться в ФМС по городу Гусев. В связи с чем вы подаете заявление? может у вас какой то особенный случай, напишите поподробнее, я попробую помочь