Можно ли понести наказание за мысли?

Нет, не естественно!
Клевета или оскорбление должны быть выражены публично! Если кто-то написал в своём личном дневнике, что "Катя Иванова дура" - то привлечь не получится. Аналогичным образом если один человек написал другому это в письме - ответственности не будет: если они оба знают Иванову Катю - это их личное мнение (кроме того, оно может и не быть клеветой, а быть правдой!) , а если адресат Катю не знает - то как может быть унижена её честь и достоинство в глазах этого человека?
Вы же не думаете, что, когда по ТВ показывают лозунг "Чубайс - вор" - это или правда, или обязательно клевета?. .
Вы забыли, что уголовный закон у нас конкретен. В нём не устанавливается ответственность просто "за действие, в результате которого кто-то умер" - нужно видеть конкретную ситуацию, а Вы её не описали.
Поэтому за высказанную или написанную мысль человек несёт ответственность только в конкретной ситуации: когда нарушает права других. Мнение у каждого своё, но высказывать его в присутствии других людей можно, только если реализация Вашего права на мнение не нарушает прав других людей.

естественно что написано пером то не вырубишь топором

вы не путайтесь, различайте устные или письменные угрозы-оскорбления-клевету с умыслом, который может быть и никак не высказанным.