Как снизить неустойку, штраф и пени в судебном процессе?

Во-первых мне не понятно как могут быть и пени и ст. 395ГК. Если пени предусмотрены договором то не о какой 395-ой и речи не может быть.
Если в договре не предусмотрен более короткий срок для начисления пени то они взымаются по день уплаты.
За пользование чужими денежными средствами вследствие их неправомерного удержания, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате либо неосновательного получения или сбережения за счет другого лица подлежат уплате проценты НА СУММУ ЭТИХ СРЕДСТВ.
Как мне представляется что конкретно на сумму удерживаемых средств, то есть если Вы исполнили часть обязательства то проценты дальше должны начисляться на другую сумму которая осталась.

неустойка и пени - это одно и то же, суд вправе снизить.. . (ст. 333 ГК РФ)

Закон дает возможность снижения как законной, так и договорной неустойки, взыскиваемой за нарушение конкретного обязательства. Согласно ст. 333 ГКРФ решение вопроса об уменьшении размера неустойки в каждом конкретном случае возложено на суд и возможно лишь на основании судебного решения.
В качестве основания для уменьшения размера неустойки в ч. 1 ст. 333 ГК РФ называется несоразмерность неустойки последствиям нарушения обязательства.
Несоразмерность должна быть явной. Критериями для установления явной несоразмерности в каждом конкретном случае могут быть, в частности: чрезмерно высокий процент неустойки; значительное превышение суммы неустойки над суммой убытков, вызванных нарушением обязательства.

Заявите о применении 333 статьи ГК

Есть море судебной практики по этому поводу - читайте, думайте и применяйте!