Как вывести учиредителя из благотворительного фонда?

решением в соответствии с уставом

Передать пакет другому учредителю.

Ни ГК РФ, ни какой-либо другой НПА, из числа регулирующих деятельность некоммерческих организаций, общественных объединений или благотворительных организаций, НЕ СОДЕРЖИТ положений, предусматривающих возможность изменения состава учредителей Фонда или вывода (исключения) кого-либо из учредителей.
Поэтому ВСЕ определяется содержанием Устава Вашего Фонда, если в нем такая возможность предусмотрена (что представляется мало вероятным) .
Если такая возможность ПРЯМО не предусмотрена Уставом, то действия по принудительному "выводу" учредителя из созданного с его участием Фонда представляются неправомерными.

Запросто. Обвините его в нарушении Устава.

Протокол собрания учредителей.

фонд должен своим управляющим органом принять решение согласно своему же уставу, а затем подать документы на внесение изменений в список учредителей, в регистрирующий орган - т. е. минюст

в общем порядке - как и в ООО... только через Росреестр
ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН О НЕКОММЕРЧЕСКИХ ОРГАНИЗАЦИЯХ
Статья 15. Учредители некоммерческой организации
1.2. Не может быть учредителем (участником, членом) некоммерческой организации:
1) иностранный гражданин или лицо без гражданства, в отношении которых в установленном законодательством Российской Федерации порядке принято решение о нежелательности их пребывания (проживания) в Российской Федерации;
2) лицо, включенное в перечень в соответствии с пунктом 2 статьи 6 Федерального закона от 7 августа 2001 года N 115-ФЗ "О противодействии легализации (отмыванию) денежных средств, полученных преступным путем, и финансированию терроризма";
3) общественное объединение или религиозная организация, деятельность которых приостановлена в соответствии со статьей 10 Федерального закона от 25 июля 2002 года N 114-ФЗ "О противодействии экстремистской деятельности";
4) лицо, в отношении которого вступившим в законную силу решением суда установлено, что в его действиях содержатся признаки экстремистской деятельности;
5) лицо, которое не соответствует предъявляемым к учредителям (участникам, членам) некоммерческой организации требованиям федеральных законов, определяющих правовое положение, порядок создания, деятельности, реорганизации и ликвидации некоммерческих организаций отдельных видов.
(пп. 5 введен Федеральным законом от 17.07.2009 N 170-ФЗ)
(п. 1.2 введен Федеральным законом от 10.01.2006 N 18-ФЗ)
2. Число учредителей некоммерческой организации не ограничено, если иное не установлено федеральным законом.
Некоммерческая организация может быть учреждена одним лицом, за исключением случаев учреждения некоммерческих партнерств, ассоциаций (союзов) и иных случаев, предусмотренных федеральным законом.