в какой срок и куда налогоплательщик может обжаловать жалобу на решение налогового органа(3 месяца или год)? ст. 139 НК

в течении трёх лет в суд.

Согласно п. 5 ст. 101.2 НК РФ налогоплательщик может обратиться в суд с заявлением о признании незаконным решения о привлечении к ответственности (об отказе в привлечении к ответственности) только после его обжалования в вышестоящем налоговом органе. Из п. 4 ст. 198 АПК РФ и п. 5 ст. 101.2 НК РФ следует, что срок на обращение в суд составляет три месяца и исчисляется со дня, когда лицу стало известно о вступлении в силу решения инспекции.
В то же время если апелляционная жалоба не подавалась и обжалуется уже вступившее в силу решение инспекции, то срок на такое обжалование составляет один год с момента вынесения решения (п. 2 ст. 139 НК РФ) .

написать жалобу?
Жалоба пишется в вышестоящий налоговый орган в течение 3-х месяцев с того момента, когда вы узнали или должны були узнать.
если это касается Москвы, то жалоба подается в Управление Федеральной Налоговой Службы по Москве
115191, Москва, ул. Тульская Б. , 15.

Лучше приехать туда лично, пройти в отдел "ЭКСПЕДИЦИИ" - справа от входа в здание и подать туда жалобу на налоговый орган, нарушивший ваши права.

С собой лучше иметь 2 экземпляра жалобы. Один вы отдаете, на втором вам ставят датц получения его. Для дальнейшего доказательства вашей правоты - лучше это сделать )