В какой гос.орган нужно обратиться?если в суд, то какой??

Если это касается Вас лично, то можно смело писать заявление в территориальное РОВД с просьбой возбудить уголовное дело по ст. 330 УК РФ.

1. Самоуправство, то есть самовольное, вопреки установленному законом или иным нормативным правовым актом порядку совершение каких-либо действий, правомерность которых оспаривается организацией или гражданином, если такими действиями причинен существенный вред, -

наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок от ста восьмидесяти до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок от одного года до двух лет, либо арестом на срок от трех до шести месяцев.

В заявлении необходимо подробно написать конкретно и подробно в чём заключается неправомерность действий застройщика, а также в чём конкретно выражен причинённый Вам вред, без этого в возбуждении уголовного дела откажут.
А так практика возбуждения подобных уголовных дел за незаконное строительство на несогласованной территории имеется достаточно большая))

я думаю надо переждать, все утрясется, вы же не зимой строить будете, а весной все переделают

В суд общей юрисдикции -районный (городской) суд, с требованиями о запрете строительных работ

В прокуратуру, это надзорный орган по соблюдению законопорядка.

Суд административной юрисдикции! Административные споры рассматриваются когда одна из сторон государственный орган. У вас тут администраця, местный орган исполнительной власти, дерзайте!