Может ли регистрирующий орган отказать в регистрации ЗАО? (внутри)

Формального права отказать на таком основании у налоговой НЕТ, т. к. регистрирующий орган НЕ наделен правом давать оценки соответствию представленных для гос. регистрации учредительных документов юр. лиц требованиям законодательства.
Но судя по Вашей информации, Ваш Устав ЗАО действительно НЕ соответствует требованиям ФЗ "Об АО".
Не зависимо от количества акционеров, в т. ч. и при единственном акционере, владеющем 100% акций, некоторые нормы, касающиеся общего собрания акционеров, ПОДЛЕЖАТ отражению в Уставе ЗАО.
На пример, в части разграничения вопросов, относимых к компетенции общего собрания, Совета директоров (если он предусмотрен Уставом) и директора.
Советовал бы доработать Ваш Устав, хотя бы в соответствии с нормами п. 3 ст. 11 и п. 3 ст. 47 ФЗ "Об АО".
И еще учтите - независимо от результатов спора с налоговой, Вы можете столкнуться с аналогичными замечаниями при гос. регистрации выпуска акций Вашего ЗАО в ФСФР. А этот орган, в отличие от налоговой, имеет право требовать внесения изменений и/или дополнений в Устав АО для его приведения в соответствие с требованиями законодательства РФ.
Удачи.

ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН
О ГОСУДАРСТВЕННОЙ РЕГИСТРАЦИИ ЮРИДИЧЕСКИХ ЛИЦ
И ИНДИВИДУАЛЬНЫХ ПРЕДПРИНИМАТЕЛЕЙ

base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=116002;fld=134;dst=100060

Статья 23. Отказ в государственной регистрации
1. Отказ в государственной регистрации допускается в случае:

а) непредставления заявителем определенных настоящим Федеральным законом необходимых для государственной регистрации документов;
(в ред. Федерального закона от 01.07.2011 N 169-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)

б) представления документов в ненадлежащий регистрирующий орган;
(в ред. Федерального закона от 23.06.2003 N 76-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)

в) предусмотренном пунктом 2 статьи 20 или пунктом 4 статьи 22.1 настоящего Федерального закона;
(пп. "в" введен Федеральным законом от 23.06.2003 N 76-ФЗ)

г) несоблюдения нотариальной формы представляемых документов в случаях, если такая форма обязательна в соответствии с федеральными законами;
(пп. "г" введен Федеральным законом от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

д) подписания неуполномоченным лицом заявления о государственной регистрации или заявления о внесении изменений в сведения о юридическом лице, содержащиеся в едином государственном реестре юридических лиц;
(пп. "д" введен Федеральным законом от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

е) выхода участников общества с ограниченной ответственностью из общества, в результате которого в обществе не остается ни одного участника, а также выхода единственного участника общества с ограниченной ответственностью из общества;
(пп. "е" введен Федеральным законом от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

ж) несоответствия наименования юридического лица требованиям федерального закона;
(пп. "ж" введен Федеральным законом от 19.05.2010 N 88-ФЗ)

з) наличия сведений о невыполнении требований, предусмотренных подпунктом "ж" пункта 1 статьи 14, подпунктом "г" пункта 1 статьи 21, подпунктом "в" пункта 1 статьи 22.3 настоящего Федерального закона.
(пп. "з" введен Федеральным законом от 27.07.2010 N 227-ФЗ, в ред. Федерального закона от 01.07.2011 N 169-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)

1.1. Наличие судебного спора о размере доли или части доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью либо о принадлежности доли или части доли конкретному лицу, а также иных споров, связанных с содержанием сведений об обществе с ограниченной ответственностью, подлежащих внесению в единый государственный реестр юридических лиц, не является основанием для отказа в государственной регистрации.
(п. 1.1 введен Федеральным законом от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

2. Решение об отказе в государственной регистрации должно содержать основания отказа с обязательной ссылкой на нарушения, предусмотренные пунктом 1 настоящей статьи.

3. Решение об отказе в государственной регистрации должно быть принято не позднее срока, установленного статьей 8 настоящего Федерального закона для государственной регистрации.

4. Решение об отказе в государственной регистрации направляется лицу, указанному в заявлении о государственной регистрации, с уведомлением о вручении такого решения.

5. Решение об отказе в государственной регистрации может быть обжаловано в судебном порядке.