Как вернуть не верно оплаченную госпошлину?

Вы вправе направить в налоговый орган по месту нахождения суда, указанного в платежном поручении в качестве органа, за юридически значимые действия которого произведена уплата государственной пошлины, соответствующее заявление с приложением необходимых документов.
Пунктом 3 ст. 333.40 НК РФ установлено, что возврат излишне уплаченной суммы государственной пошлины осуществляется органом Федерального казначейства в течение одного месяца со дня подачи заявления о возврате. Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы. Согласно п. 7 ст. 333.40 НК РФ организация вправе произвести не только возврат, но и зачет излишне уплаченной суммы государственной пошлины в порядке, установленном гл. 12 НК РФ.
Согласно п. 6 статьи 333.40 НК РФ плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия. Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу) , в который (к которому) он обращался за совершением юридически значимого действия.
Учитывая это обстоятельство, суд, разрешая вопрос о принятии искового заявления, иного заявления, жалобы к рассмотрению, производит этот зачет при представлении плательщиком государственной пошлины документов, перечисленных в п. 6 ст. 333.40 НК РФ (по аналогии с п. 3 ст. 333.40 НК РФ) , о чем выносит судебный акт. Отметим, что документы, представляемые для вынесения решения о зачете, аналогичны документам, представляемым организацией с целью возврата госпошлины. При этом необходимо иметь в виду, что возможен зачет такой излишне уплаченной пошлины, которая была уплачена в связи с рассмотрением дела в любом из судов Российской Федерации
Гл. 25.3 НК РФ не установлен срок, в течение которого осуществляется зачет ошибочно уплаченной пошлины. Исходя из того, что зачет излишне уплаченных сумм государственной пошлины осуществляется в порядке, установленном гл. 12 НК РФ, решение о зачете суммы ошибочно уплаченной госпошлины в счет предстоящих платежей налогоплательщика должно быть принято налоговым органом в течение 10 дней со дня получения заявления налогоплательщика (п. 4 ст. 78 НК РФ).

Оплатить госпошлину не в тот суд нельзя. Все суды у нас государственные и поэтому деньги поступают в один карман .

В который суд оплатили напишите запрос и приложте квитанцию, должны ирнуть.

Согласно ст. 333.40 НК РФ зачесть госпошлину можно только при обращении к одному и тому же лицу.
6. Плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.
Указанный зачет производится по заявлению плательщика, предъявленному в уполномоченный орган (должностному лицу), в который (к которому) он обращаЛСЯ за совершением юридически значимого действия.

А вот в арбитраже специально разъяснили, что зачет возможен и при обращении в другой суд.
На мой взгляд, словесное толкование все же не позволяет сделать такой вывод.
Постановление Пленума ВАС РФ от 11.07.2014 N 46 "О применении законодательства о государственной пошлине при рассмотрении дел в арбитражных судах":
3... Необходимо иметь в виду, что возможен зачет такой излишне уплаченной пошлины, которая была уплачена в связи с рассмотрением дела в любом из арбитражных судов Российской Федерации.