Подала декларацию за 2011год, на возврат вычета за обучение. Может ли налоговая проверять её более 3 месяцев???

Камеральная проверка декларации продолжается три месяца и ни днем больше.
Решение о возврате (если все в порядке и уточненных деклараций с вас не требовали) принимается в 10-ти дневный срок, возврат осуществляется в течение месяца (статья 78 Налогового кодекса) . Отсчет этого месяца на возврат начинается со дня предоставления Вами заявления на возврат, а если заявление Вы подавали одновременно с декларацией - со дня окончания проверки декларации.
Иными словами, максимальный срок ожидания возврата - четыре месяца.
Совет: обращайтесь в Вашу налоговую и интересуйтесь судьбой возврата. Вы можете даже сделать это не лично, а через сайт ФНС: там в уголочке есть услуга "Обратиться в ФНС России" - пишите и ответить Вам обязаны письменно и обязательно (тем более, что такое обращение контролирует вышестоящая инстанция, поэтому ответ гарантирован) . В своем обращение можете (и желательно это сделать) напомнить, что нарушение сроков возврата влечет уплату Вам процентов (все та же статья 78 НК РФ) - сами проценты копеечные, конечно (можете их не требовать) , но такое упоминание покажет, что законы Вы знаете, и дело убыстрится.

К слову - наличие долгов возврату не мешает нисколько. У простого гражданина вряд ли может иметься задолженность по федеральным налогам (например, НДС) - но даже в этом маловероятном случае просто делается зачет и возвращается остаток суммы. Наличие даже огромных долгов по транспортному, земельному или имущественному налогу - не причина для отказа в возврате.

Кстати, не удивлюсь, если выясниться, что Ваше заявление просто "потерялось" (возможная ситуевина, учитывая, что декларациями занимается один отдел, а заявлениями - другой) , поэтому Вы и денег не видите. Но после обращения (тем более через сайт) оно может волшебным образом найтись.

Согласно п. 2 ст. 88 НК РФ уполномоченными должностными лицами налогового органа проводится камеральная налоговая проверка в течение трех месяцев со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации.
Налоговый орган обязан сообщить налогоплательщику о ставшем известным ему факте излишней уплаты налога и сумме излишне уплаченного налога в течение 10 дней со дня обнаружения такого факта.
Сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату по письменному заявлению налогоплательщика в течение одного месяца со дня получения налоговым органом такого заявления (п. 6 ст. 78 НК РФ) .
Кроме того, п. 11 Информационного письма Президиума ВАС РФ от 22.12.2005 N 98 установлено, что срок на возврат (зачет) суммы излишне уплаченного налога, определенный п. 6 ст. 78 Налогового кодекса РФ, начинает исчисляться со дня подачи заявления о возврате (зачете) , но не ранее момента завершения камеральной налоговой проверки по соответствующему налоговому (отчетному) периоду либо момента, когда такая проверка должна была быть завершена в соответствии со ст. 88 НК РФ.
Следовательно, срок на возврат суммы излишне уплаченного налога, определенный п. 6 ст. 78 НК РФ, в случае проведения камеральной налоговой проверки на основании представленной налогоплательщиком - физическим лицом налоговой декларации начинает исчисляться со дня подачи налогоплательщиком заявления о возврате, но не ранее момента завершения камеральной налоговой проверки либо момента, когда такая проверка должна быть завершена в соответствии со ст. 88 НК РФ.

Налоговая может всё.Если у вас нет долгов, даже мизерных, копеечных перед налоговой, то 3 месяца -это ещё не предел ожидания денег. У меня дочь получила налоговый вычет за учёбу ровно через год.

3 месяца - это не срок для налоговой, бывает намного дольше.