Самовольна регистрация ООО в моем здании

Ну в суд то конечно это прекрасно. Но для запрета можно с налоговой договориться. Есть ещё банки.
Такие случаи часты, естественно.
1) Распространённое средство - ЗАЯВЛЕНИЕ об ограничении использования недвижимого имущества, принадлежащего на праве собственности в качества адрес место нахождения. Проще - запрет на регистрационные действия. Оно пишется в свободной форме. Напишите в вашу налоговую, если в Москве или в питере - то в соотв. регистрирующую МИФНС.

Подпись директора заверяем нотариально, прикладываем св-во на право собственности

Все организации, которые будут пытаться зарегистрироваться на этот адрес будут получать отказы. Регистрировать на этот адрес можно будет, но только с письменного вашего согласия.

2) напишите в банк, где у этой фирмы счёт - их замучает ещё банк. Потому как банк ОБЯЗАН проверять место нахождения клиента по Закону "О противодействии легализации (отмыванию) доходов... ".

Велика вероятность, что те фирмы замучают налоговики, банк и они сами сменят адрес, (если конечно они действующие) . Щас с этим борются. так что это вполне реально Вам сделать.

обратиться в суд с иском о признании регистрации недействительной

Если вы купили здания, а не арендуете подавайте в суд на юр. лицо которое зарегистрировалось в вашем здание. Хотя я не понимаю как такое может быть. На чужой собственности никто не может находиться без разрешения собственника тем более вести деятельность. Прежде всего посмотрите что конкретно что вам принадлежит и если вам принадлежит та область здания на котором ведет деятельность ООО. Подавайте в суд смело. Предварительно обратившись к юристам которые помогут оформить нужные документы.

Обратись в налоговую с право устанавливающими документами, если не поможет то в суд!