Наш дедушка пропал безвести. Умершим он не числится. Можем ли мы снять пенсию с его сберкнижки?

Я Вас так понимаю, что Ваш дедушка признан без вести отсутствующим в установленном порядке? Или пока нет?
Читаем Гражданский кодекс РФ:
Статья 42. Признание гражданина безвестно отсутствующим

Гражданин может быть по заявлению заинтересованных лиц признан судом безвестно отсутствующим, если в течение года в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания.
При невозможности установить день получения последних сведений об отсутствующем началом исчисления срока для признания безвестного отсутствия считается первое число месяца, следующего за тем, в котором были получены последние сведения об отсутствующем, а при невозможности установить этот месяц - первое января следующего года.

Статья 43. Последствия признания гражданина безвестно отсутствующим

1. Имущество гражданина, признанного безвестно отсутствующим, при необходимости постоянного управления им передается на основании решения суда лицу, которое определяется органом опеки и попечительства и действует на основании договора о доверительном управлении, заключаемого с этим органом.
Из этого имущества выдается содержание гражданам, которых безвестно отсутствующий обязан содержать, и погашается задолженность по другим обязательствам безвестно отсутствующего.
2. Орган опеки и попечительства может и до истечения года со дня получения сведений о месте пребывания отсутствующего гражданина назначить управляющего его имуществом.
3. Последствия признания лица безвестно отсутствующим, не предусмотренные настоящей статьей, определяются законом.

Статья 45. Объявление гражданина умершим

1. Гражданин может быть объявлен судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, - в течение шести месяцев.
2. Военнослужащий или иной гражданин, пропавший без вести в связи с военными действиями, может быть объявлен судом умершим не ранее чем по истечении двух лет со дня окончания военных действий.
3. Днем смерти гражданина, объявленного умершим, считается день вступления в законную силу решения суда об объявлении его умершим. В случае объявления умершим гражданина, пропавшего без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, суд может признать днем смерти этого гражданина день его предполагаемой гибели.

по доверенности или после оформления наследства

Нет, вам ее никто не выдаст.

Только если есть доверенность.

Нет, не можете.