Если после подачи искового в суд, ответчик соглашается на условия, но за подготовку иска уже оплачено и пошлина, надо

если ответчик согласиться, то в условия согласия можно включить сумму расходов на подготовку иска, получить с ответчика оплату, и отказаться от исковых требований, это обеспечит возврат 75% уплаченной госпошлины.
В чем вопрос был для юристов? Без посторонней помощи об этом сложно было додуматься?

Что ж вас ваш оплаченный юрист не консультирует-то? Кто иск готовил.
У вас дело уже в суде. До того, как подать иск, вы и переговоры с ним говорили, и претензии слали, и иск высылали. Когда иск попал в суд - он еще пару дней не принимался к производству, можно было отозвать (по ГК до 5 дней, по факту мб меньше).
Сейчас дело уже в суде, а ответчик только проснулся и согласился на условия. Значит, недостаточно его теребили. Недоработка менеджмента организации, а не юристов. Можно было додавить на стадии претензионного урегулирования.
Теперь вы можете с ним только заключить мировое соглашение, и включить туда фактически понесенные вами судебные издержки. И пошлину, и оплату за составление иска. И принести это мировое в суд, на первое заседание, и подписать в присутствии судьи. Судья утвердит, вынесет определение и прекратит дело. И тогда уже это мировое соглашение надо будет исполнять.
Ответчику это будет плата, что вовремя не спохватился и вверг вас в такие убытки. А если с ответчиком сохранится спорная ситуация, даже по вопросу распределения судебных издержек - значит, пусть суд слушает дело. И не факт еще, что удовлетворит требования. И это уже ваш риск. Тоже - плата за недоработку менеджеров - руководителей работ.
Вариант - Ответчик приходит в суд и признает иск. Суд выносит решение, через месяц оно вступает в силу, и если ответчик добровольно еще не исполнил - несите решение судебным приставам.

придется...