Кто знает как снять ограничение видеосъемки 29 минут Full HD-видео для Olympus E-PL3?

Никак.

А зачем: Статистика говорит, что уже на 5-й минуте просмотра "видео", снятого фотоаппаратом, зритель начинает позёвывать.

Фотоаппарат снимающий больше 30 минут видео, должен называться "Видеокамерой" XD
У фотоаппаратов есть неприятное ограничение: время видеосъемки в режиме HD не превышает 30 минут, чтобы не пересекаться с классом видеокамер и избежать дополнительного налогообложения.
Для некоторых камер существуют хакерские прошивки, снимающие это ограничение.
Есть ли альтернативные прошивки для этой камеры, я сказать не могу ...

Взломать штаб-квартиру Олимпусов, и силой заставить инженеров сделать такой фотик, который снимает больше чем 30 минут... .

Это ограничение и для любой видеокамеры имеет место быть. Оно подразумевает максимальный размер файла два в тридцать второй степени, поддерживаемого системой FAT32 (около 4260МБ) . У меня проф Panasonic 160, так она (видеокамера) только в DV формате делает искусственно файлы с таким же номером (но все равно такой длительности, даже меньше, поток больше, чем у эйчь-ди) , единственное удобство при склейке в редакторе нет разрыва вообще.

Как уже сказали это ограничение файловой системы FAT32. Его можно преодолеть, отформатировав флешку в NTFS - правда я не пробовал: увидит или нет такую карту памяти фотоаппарат.
Некоторые производители камер специально ставят еще большее ограничение для съемки видео: 20, 15, 10 и меньше минут.
Зачем? - Затем, что матрицы фотоаппаратов не предназначены для постоянной работы. И могут перегреваться из-за этого. Чтобы застраховать себя от этого и делают временные ограничения. Думаю лучше купить видео-камеру.