Сохранение параметров программы

Не думаю, что есть разница в скорости - у вас ведь не Гб настроек.

А как будет использоваться ваша программа?

Если инсталлироваться, за деньги, без возможности распространения - в реестр.
Можете поставить ограничение по времени (в том числе с учетом перестановки даты) , пароли и т. п.
Но, по правилам хорошего тона, вы должны пердусмотреть удаление из реестра при деинсталляции.

Если свободно - лучше в ini. Оптимально вообще портабл.
Тем более, многие трепетно относятся к своему реестру.

Ну, а, на этапе разработки/тестирования, ИМХО, удобнее в ini: вы можете менять его в Блокноте

ini файлы считаются анахронизмом и использовать их не рекомендуется, в тоже время игры с реестром штука опасная. Если имеете достаточно опыта и знаний используйте реестр, если нет - ini-файл

Как варианты - использовать контейнер в xml- либо structured storage формате.

Настройки - рекомендуется сохранять в реестре. Если данных много лучше сохранять в файлы.

Правильнее всего сохранять настройки в каталоге профиля пользователя. Это не противоречит модели безопасности Vista и Win7.

Я не знаю какие библиотеки применяете для программирования.
Например, в .NET Framework есть Application Settings позволяющий записывать значения и сохранять их между запусками программы.
Тут рассказано

Если у вас не .NET, в общем случае техника такая.
Создаёте класс Settings. В его конструкторе прописываете доступ к файлу настроек и чтение его содержимого.
Внутри класса объявляете словарь для доступа ко значениям. И перебрасываете в словарь все значения из файла.
Затем делаете индексатор для доступа к сохранённым строкам. Чтобы писать программу вида
Settings set = new Settings();
set["connStr"] = "dfdfd";
и
set[12] = "22222ввав";

Далее делаете у этого класса метод Save() сбрасывающий все изменения на диск.
Можно ещё сделать метод Refresh() для повторного чтения всех значений из файла в словарь.

Запись в файл удобно производить выполняя сериализацию объекта. А чтение - десериализацию.
Эти возможности поставляет тот же .NET Framework. Ищите нечто подобное в применяемом вами языке.

Нужна ли ручная работа с INI или XML файлом? Сложно сказать. Скорее всего НЕТ. Потому что у любой маломальски нормальной программы есть меню "Настройки" где можно поменять параметры не разбираясь в структуре файлов.