В чем разница между BAT и CMD файлами?

bat (batch file) - пакетный командный файл для ДОСа
подразумевается что он не будет содержать вызовов подпрограмм не включенных в комплект поставки ДОС

cmd - пакетный файл для процессора cmd.exe (Win NT, XP, 2k, OS/2, REXX ...)

В операционной системе Windows Vista разницы между bat-файлами и cmd-файлами практически нет. Файлы как с тем, так и с другим расширением обрабатываются при помощи командной строки cmd.exe. В предыдущих же версиях Windows bat-файлы обрабатывались командной строкой command.com. Данная командная строка не поддерживает всех возможностей cmd.exe, поэтому правильнее создавать cmd-файлы (особенно если вы собираетесь использовать их не только на операционной системе Windows Vista).

В самом простом случае bat-файл содержит в себе просто несколько команд запуска программ, каждая из которых записана с новой строки. Например, ниже представлен пример простого bat-файла, запускающего две программы: regedit.exe и calc.exe. При этом программы запускаются последовательно. То есть, пока не будет завершена первая команда bat-файла, не начнется выполнение второй команды.
Regedit.exe
Calc.exe

Более сложные примеры bat-файлов используют специальные программы командной строки cmd.exe, которые позволяют добиться взаимодействия между различными программами, а также их непоследовательного запуска. Далее мы рассмотрим эти программы.
Некоторые символы в bat-файлах имеют особое назначение, поэтому их нельзя использовать в строках, не обрамленных кавычками. Например, к таким символам относятся следующие символы: ( ) < > ^ & |.