В чём отличия Android NDK от Android SDK ?

The Android NDK is a companion tool to the Android SDK that lets you build performance-critical portions of your apps in native code. It provides headers and libraries that allow you to build activities, handle user input, use hardware sensors, access application resources, and more, when programming in C or C++. If you write native code, your applications are still packaged into an .apk file and they still run inside of a virtual machine on the device. The fundamental Android application model does not change.

Android NDK является вспомогательным инструментом для Android SDK, который позволяет создавать критичные части вашего приложения в машинном коде. Он предоставляет заголовки и библиотеки, которые позволяют строить деятельность (хз) , ручной ввод данных пользователем, использование аппаратных датчиков, доступ к ресурсам приложения и многое другое, при программировании на С или C++. Если вы пишете native- код, ваши приложения по-прежнему упаковываются в .apk файл и они по-прежнему выполняются внутри виртуальной машины на устройстве. Фундаментальная модель Android-приложения не изменится.

SDK - Software Development Kit
NDK - Native Development Kit

На андроид приложения изначально можно было писать только на JAVA. Соответственно SDK у них был для их аналога JAVA машины.
Последние версии стали выходить с возможностью выполнения нативного кода (обычный скомпилированный под ARM код) , для него выпустили NDK.