Инженер-проСистемный программист и инженер-программист, какая между ними разница и на кого лучше пойти учиться?

Всё зависит от учебного заведения. На названия смотреть не нужно вообще (!).
Названия направлений в универах соответствуют их ГОСТ-овским описаниям под определенными номерами (правда нужно быть внимательным: номера меняются время от времени) , а в них написаны очень общие фразы в стиле "Составлять программы для ЭВМ" и отличаются они иногда только перестановкой слов в предложении, можешь почитать например тут один из стандартов.
Как видишь ничего конкретного. Под одинаковыми номерами направлений в разных ВУЗах могут быть разные программы, разные спецкурсы, так что узнавать на какое направление подавать документы при поступлении для каждого ВУЗ-а нужно отдельно, ещё лучше, если у тебя есть друзья, которые учатся в учебном заведении, куда ты собираешься поступать, так что всё зависит от универа.
Скажу про направления в некоторых универах, про которые знаю:
В НГУ поступать на ФИТ, там одно направление соответствующее информатике, но впринципе там можно и на мехмат, там есть кафедра программирования.
В СПБГУ ИТМО поступать на кафедру КТ (компьютерные технологии) , забей на красивые названия, эта кафедра там самая суровая (в ИТМО сразу кафедры) .
На факультете математики и механики СПБГУ, выбирай либо чисмат, либо матобес. Для программистов само-то направления.

P.S. Как я поняла, ты с Украины, но думаю это правило работает не только в РФ, думаю информация окажется полезной, особенно если надумаешь поступать к нам.

Вот, как-то так. Удачи :)

Лучше на защиту информации.

Первая более профессиональная, с оттенками менеджмента.