Как подписывать файлы своей ЭЦП? Хочу написать свою програмку для этого.

ЭЦП и усиленная ЭП - это хэш-значение подписываемого электронного документа, зашифрованное ключом подписи (закрытым ключом) подписанта. Проверяющая сторона вычисляет хэш-значение подписанного документа и расшифровывает ЭЦП ключом проверки (открытым ключом) ; если вычисленный и расшифрованный хэши совпадают, значит (1) документ не изменился после подписания и (2) подписывало лицо, которое обладает ключом подписи.

Таким образом, для проверки ЭЦП подписанного документа кроме собственно документа и ЭЦП нужен ключ проверки. Для подтверждения того, что ключ проверки принадлежит определённому лицу (то есть, что это лицо обладает соответствующим ключом подписи) используются цифровые сертификаты, достоверность сведений в которых подтверждается ЭЦП/ЭП удостоверяющего центра. Если Вы совсем не знакомы с вопросом, рекомендую очень разжеванный (и от этого - местами не вполне корректный) видеоролик: www.youtube.com/watch?v=1CWVGzi7-YI

В CMS Signed Data (RFC 3852) рядом с подписываемым документом в отдельном блоке лежит хэш-значение документа, а отдельно - зашифрованное хэш-значение блока, в котором лежит хэш-значение документа. В цифровых сертификатах (RFC 5280) - схема, описанная в первом абзаце.

Для создания ЭЦП Вам потребуются:
- ПО, которое умеет вычислять хэш и зашифровывать закрытым ключом;
- сертификат, содержащий сведения о Вас и Ваш открытый ключ;
- наличие законных оснований для приравнивания электронного документа с ЭЦП к документу на бумажном носителе с Вашей собственноручной подписью.

В случае ЭЦП законные основания в РФ устанавливает 1-ФЗ "Об ЭЦП", но он прекращает действовать 1 июля. В случае с усиленной ЭП законные основания устанавливает 63-ФЗ "Об ЭП"