Создать один html-файл, чтоб все картинки были в одном файле, а не в отдельной папке

в принципе, можно и в один файл - при помощи data:URI
только понятия не имею, поддерживает ли такие картинки PocketBook
можете проверить сделав файл HTML с картинкой.
конвертер: http://dataurl.net/#dataurlmaker
процесс простой: вы сохраняете файл HTML как обычно - с линками на картинки, а потом заменяете каждую картинку "встроенной" (в CSS тоже можно использовать) :
http://css-tricks​.com/data-uris/ .
этот же прием используется при конвертации MHTML - картинки конвертируются в data:image, но кроме того, там используется майкрософтское форматирование, которое наверняка не придется по вкусу многим программам.
но в чем проблема, я не понимаю.. .покетбук же должен спокойно относиться к сохраненным в браузере файлам HTML (интернет-страницам) . сохраните страницу в браузере и откройте ее в читалке. посмотрите, как сохранил (наверняка картинки во внешних файлах) и взгляните на линки. может вы просто неправильно их указываете для локального просмотра?
также он понимает вордовские форматы, CHM и PDF.
может проще ими воспользоваться?

Это надо сохранить как MHTML

Запихать картинки в html нельзя.
Файл html это обычный текстовый документ, в котором расписано как все должно выглядеть на экране и где лежат картинки.
Вам нужно вашу странице конвертнуть в электронную книгу.
Вот программа Calibre 0.9.8

http://portable4pro.ru/ofis/reading_books/calibre.html

html это всего лишь язык разметки. в нем можно указать месторасположение картинок, но вставить картинки внутрь не получится.

как вы планируете в текстовый документ закинуть картинки? если картинка находиться в интернете, тогда можно просто вставлять в тег сылку на эту картинку вот так href="сылка". Всё больше нечего добавить.