Есть сайты где нет входа, как туда заходят админы?

Как правило, управляют сервером (компьютером, на котором висит сайт) через SSH.
То есть, не через WEB админку, а как-бы через удалённый рабочий стол. То есть, создают и удаляют папки, ставят программы итп

Э-э-э-э.. . То есть как нет входа? Что ты имеешь ввиду?
А вообще-то ничто не мешает админам подключаться к серверу через терминал и делать с ним что угодно...

Админы не заходят на сайты, где нет входа.

по определенной ссылке или через приложение

Эта собачка меня реально умиляет! А все остальные гонят, что физически больно!
Админы заходят на сайт на сайт также, как и обычные смертные, только по определенной ссылке, например, на сайт дешевыешлюхи. рф заходят так:
дешевыешлюхи. рф/?админ=бог&всем=сосать
после чего вводят логин и пароль, то есть проходят аутентификацию, заполняя поля формы, то есть методом ПОСТ. После чего заходят в систему управления и занимаются своими делами. Не зная пароль (и ссылку) , зайти не получится, если СМС не дырявый, либо подбором пароля. Либо можно на почту админа отправить письмо, типа "ваш директор переложил все ваши обязанности на меня, перешлите мне логин и пароль от админки". 50% вышлют. Если знаете админа, его можно напоить, или прикинуться наивной девочкой и попросить научить пользоваться адпинкой, предварительно установив кейлогер на комп и перехватить все нажатия клавиатуры.
А ССН - я вообще не знаю зачем он нужен. Однажды я спросила у одного, он долго смотрел в монитор, потом ответил - да для всего нужен!

да много