В чем преимущество сайта написанного на джумле перед сайтом написанным вручную

Дизайн у джомлы стардатный. Пользователь заходящий на сайт, видит это дело. И понимает что организация или пользователь не может себе позволить опытного программиста. Ну и соответственно делает выводы свои. Когда я например могу сделать сайт не хуже Джомлы за пару дней. Где будут коментарии, админ панель, ну т. д. В принцепе можно для Джомлы создать свой CSS фаил, что бы не парица с PHP скриптами...) ) Вобщем выбирать Вам. Для начала думаю надо поэкспаментировать с файлом style.css .

джумла готовое cms и к ней есть куча шаблонов с плагинами для расширения функционала, а шаблоны дают готовые заготовки дизайна которые можно править по своему усмотрению :)
в случае с самописной cms, придется потратить время на разработку с нуля + отладку, но зато это будет проще, если стоит задача которая может от джумлы потребовать переписать весь движок или это будет невозможно, к примеру сложные корпоративные веб-приложения взаимодействующие с железом или корпоративная система документа оборота :)

Joomla - это полнофункциональный движок.
Что касается самописов, то обычно пишут под определенное ТЗ.

легче начинающему сделать полноценный сайт

Для программиста меньше мороки, че терзать свой мозг, когда уже готовое решение есть.

Джомла - это типа когда ты снимаешь квартиру с мебелью, с наклеенными обоями, с висящими занавесками, с коврами, с ванной 3х2 и только, выходить тут, заходить там, эта стенка стоит здесь, двери в этой стене будут находиться только тут. Ты можешь принести свою посуду, постельное бельё, одежду, продукты питания и мелкую бытовую химию. Собаку заводить нельзя, живёшь с друзьями - плати больше и т. д.

Самопис - я тут царь, я тут Бог, я тут главный, всё моё, я придумал, я так хочу так и будет, здесь мои правила, я тут всё могу (были б мозги).