Можно ли перекомпилировать приложение Windows?

"И если я правильно понимаю, если приложение Windows скомпилировано, то обратной дороги нет? " - нет, конечно, не правильно.
Декомпиляторы, разумеется, существуют. И если Вы не знаете об этом. . Ваши познания в программировании еще меньше, чем Вы думаете.
При декомпиляции получается формально файл на выбранном (посредством выбора декомпилятора) языке. Но этот тест программы, разумеется, будет содержать неговорящие имена переменных и функций - разобраться одному человеку под силу только в очень небольшой программе. Кроме того, если попытаться тут же снова скомпилировать полученный файл - с вероятностью близкой к 1 ничего не выйдет - будет куча ошибок.
"Или это можно сделать на обычных компилятарах" - иногда декомпилятор входит в состав поставляемой программной среды, но декомпиляция, вообще говоря, не является функцией компилятора.
Нужно найти декомпилятор того языка, на котором собираетесь писать. Однако, если Вы представляете, что именно и как будете исправлять - поверьте, гораздо проще писать все с нуля. Простое соображение: в исполняемом файле нет подключаемых библиотек - все необходимые функции из них скомпилированы в exe; при декомпиляции все эти стандартные функции будут описаны не как обращение к библиотеке, разумеется, а как отдельные функции с (как уже было сказано) именами переменных и функции "взятыми от балды".

Если прога на Java, то Jаva Decompiler
Или
Mocha xD
На C++ не встречал.

да