как писать чистый код?

Ну, в общем все это известно:
1) Разработка "сверху-вниз": делаем главную программу, в ней только то, что уже понятно. Например: инициализация, чтение конфигурации, открытие главного окна, выход, сохранение конфигурации. Вместо вызовов подпрограмм, вставляем сообщения: "это модуль А", "это модуль В". Отлаживаем, потом пишем эти модули, 2-го уровня, которые вызываются из главной программы, потом 3-го уровня, и тд.
2) Если задача меняется, в процессе, то рефакторинг, как выше уже советовали. И не когда нибудь, потом, а сразу, когда программа перестает нравиться!
3) Структурное программирование, по заветам гигантов мысли: подпрограмма не больше 200 строк, в строке не больше 2-х операторов, объявление переменных в начале модуля, имена переменных осмысленные. И + комментарии, также осмысленные, без лишней детализации.
4) Чувство вкуса: если общая подпрограмма, выросла вдруг, с добавлением лишних условий, то делаем 2 похожих, но коротких, не перегружая лишними параметрами.
4) Журнал модификаций: если переделываем куски готового кода, который уже закончен, то записываем: где переделали, когда, зачем.

Для этого придумали программную инженерию. Особенно в коллективе сначала программа проектируется, создаётся структура. С нуля никто ничего не начинает делать.

И сколько операторов в выросшей программе? Сомневаюсь, что на 3м курсе требуют большие проекты. А, если в небольшом начинаются "провалы памяти", то это тот самый, : плохо структурированный и недостаточно откомментируемый да-да-да, говнокод. Следствие отсутствие ТЗ

https://refactoring.guru/ru
Вот. Поможет. Рефакторинг мир спасет.

Для этого вроде как были придуманы комментарии к своему коду, чтобы потом не забыть что за блоки кода у тебя тут.
Научишься правильно описывать - научишься и структурировать.
А может, это просто не твое.