Основные различия языка программирования C# от С++.

Вообще плюса и на дотнете есть и под линукс на нем писать можно. Разные просто стандарты на плюсах имеются. Сишарп работает только там где установлен фреймворк от мелкософт. СИ плюс мощный язык но это дано не всем. Пока будите изучать основы уже может перехотеться изучать его вообще. Сишарп свежий, простой, перспективный язык пишите на нем. Сейчас шарписты в цене, возьмите один шарпоинт сервер. На сишарпе сиподобый синтаксис так что потом и на плюса сможете перейти.
На гитхабе много паттернов для сишарпа всегда выкладывается и мануалов в инете куча по нему. В общем сишарп предназначен в основном под написания бизнес приложений, игрухи на 3д юнити на нем пишутся, андройд приложения. Все это легко и быстро. На плюсах можно написать практически все но нужно этот язык прочувствовать :) Что Вам ближе то и выбирайте.

Могу посоветовать литературку для начала по сишарп:
Для начала Стиллмен Э., Грин Дж. - Изучаем C#. Включая C# .NET 4.0 и Visual Studio 2010. 2-е издание (Бестселлеры O'Reilly) - 2012
Потом Шилдт Г. - C# 4.0 полное руководство - 2011
Можно еще скачать где нибудь с торрентов уроки Александра Гудка по C#. Очень ксати хорошо объясняет.

В c++ работаешь с указателями и памятью.
В c# сборщик мусора.
В c++ есть компиляция в машинный код, что даёт некоторые возможности.

Это просто разные языки. C# – это основной язык (наряду со специальной версией C++ в том числе) для написания кода, который затем компилируется в CIL — «высокоуровневый ассемблер» виртуальной машины (.NET или Mono). Есть варианты компиляции кода, написанного на C# непосредственно в машинный, хотя C# изначально для этого и не предназначался.

upd: Можно сказать, что в целом C++ предоставляет бо́льшие возможности для ручной оптимизации кода. Это хорошо, но это и усложняет изучение языка. А C# предназначен для предоставления бо́льших возможностей программисту. Там есть куча "полуавтоматических" пряников наподобие linq или presentationframework.

C++ в основном использует winapi, когда C# использует свои библиотеки.
С++ и C#:
ФП и ООП.
Работа с памятью и безопасный код.
Нативный и скриптовый языки. (asm vs IL)
Долго, мутарно и быстро, эффективно.
Кроссплатформ и windowsonly.