Как программировать чисто на двоичном коде?

Ну, надо будет написать транслятор. Например используя такую таблицу, потом изучаешь команды на ассемблере, смотришь какому символу соответствует команда, и таким образом у тебя получиться редактор в котором ты пишешь единицы и нули, они будут переводиться в машинный код. Если хочешь по хардкору возьми в добавок к этой программе допили модуль для работой с лтп портом. замыкая проводочками на лтп будешь конкретно единицами и нулями программировать. Люди использовали перфокарты чтоб прогу запилить.

На сегодняшний день уже никак - архитектура современных систем слишком сложная для любого менее чем абсолютно гениального мозга.
Чтобы хлебнуть настоящего программирования в двоичных кодах, можешь как-нибудь добыть себе прекрасное устройство с поэтическим названием מח"ל
Ну или его эмулятор.
В общем, это такая жесть с 22 командами и ЕМНИП 32 байтами памяти, кнопками и рычажками. 25 лет назад использовалась Министерством образования Израиля чтобы мучить школоту, используется ли сейчас - я не в курсе.
Я его живьем не видел никогда, хотя даже сдавал по нему экзамен. У нас был только эмулятор, написанный моим одноклассником на Паскале. А еще ходили слухи, что кто-то где-то его даже видел и щупал. Гугель не находит ни одной его картинки, хотя по второй ссылке дает документацию (на иврите, да).
https ://www.google. com/search?q=%D7%9E%D7%97%22%D7%9C+%D7%9E%D7%97%D7%A9%D7%91+%D7%9C%D7%99%D7%9E%D7%95%D7%93%D7%99&rlz=1C1AZAA_enUS753US753&source=lnms&sa=X&ved=0ahUKEwiA25DOtaHaAhWEPN8KHc1WBn8Q_AUICSgA&biw=1013&bih=439&dpr=1

так и пиши 10110011101010110101010101010110101010101010011

Нужна программа, которая позволят программировать в двоичном коде (или просто редактировать файл в двоичном коде). Надо её написать или найти готовую. Сомневаюсь, что она существует.
Может в продвинутых HEX-редакторах есть такая возможность.
А как программировать при помощи бинарного редактора - это ты должен знать: это же твоя идея.

бери иглу и в перфокарте дырочки делай - реальный кодинг в двоичном коде

справочник по процессору, там есть коды команд, операций, переводи в двоичный формат, и будет счастье