На каком языке лучше программировать микроконтроллеры? Ассемблер или С?

ассемблер само собой

Лучше - на C++. Чем выше уровень языка, тем быстрее программировать. Но многие микроконтроллеры еще программируются и только на чистом С, и Ассемблере, конечно.

Если надо быстро, то C.

Лучше на C++. Atmega, STM32 поддерживают его синтаксис (но там нету STL и Boost, конечно же).
Но где надо оптимальнее - там оптимизировать - например, для ввода и вывода есть специальная константа и быстрее задать в ней бит, нежели вызывать функцию, но функцию намного удобнее и обычно делают через функцию. Местами можно и подходы из Си применять, и ассемблерные вставки тоже.

А сам размер программы далеко не всегда столь критичен, не все МК столь малую память имеют, да и C/C++ не так уж раздувают его.

А вообще многие устройства, где есть микроконтроллеры, хорошо бы переделать на встраиваемые одноплатные компьютеры. Такой даже в кустарных условиях можно сделать из потрохов смартфона на Android в связке с каким-нибудь микроконтроллером, который будет лишь тонкой прослойкой для взаимодействия с железом, а остальное будет в компьютере. Получится устройство с огромным функционалом, мощным железом, сенсорным дисплеем... Напиши под него нужное ПО и оно по количеству фич обыграет любого конкурента.

Си - быстрее учится, быстрее создаются приложения, приложения универсальные. Наконец, все компиляторы заточены на создание экономного быстрого кода, похожего на ассемблерный. Если не хватает памяти, берут микроконтроллер с большим размером памяти.
У ассемблера, пожалуй, видимое преимущество только в быстроте исполняемого кода.

C конечно же.