С точки зрения NFC reader-ов есть ли разница при использовании карты с NFC и

Смотря что вы имеете в виду под NFC-ридером, в плане того что это за устройство. Если просто ридер за 2тр с алиэкспресса в котором нет никакой бизнес логики то разницы нет, ее нет ровно потому что он ничего не знает про apple pay'и и даже про оплаты - его задача и весь функционал это работа с физическим и транспортным уровнем, это стандарты ISO 14443-3 и NFC - прием и передача данных, а каких данных это не его дело.
А если мы рассмотрим например POS терминал оплаты, то это помимо поддержки NFC там есть функционал бесконтактной оплаты, карты доступа, программы лояльности т тп, стандарты EMV, PayWave, Apple Pay, Apple VAS, Apple ECP, там куча всего еще - это все работает поверх NFC через обмен определенными данными по нему, реализуется в конечном устройстве с NFC в зависимости от его предназначения и возможностей, от терминалов оплат до считывателей у турникетов и открытия замков автомобиля. Так что да, по каждому вашему пункту в случае терминала оплаты разница есть, тк это разные технологии, реализации и провайдеры, за исключением того что в части взаимодействия телефон-терминал(не берем в расчет процессинг и токенизацию карт) в минимальном случае разницы не будет между Google/Apple/Samsung Pay'ами тк это будет взаимодействие по EMV.

>1. Возможно ли полностью эмулировать NFC карты в NFC телефона? Может есть какие-то приложения эмуляторы или приложения для клонирования NFC-карт?

Опять же, смотря что вы имеете ввиду под "картой" и что конкретно вы собираетесь эмулировать. Если по контексту вопроса имеются ввиду банковские и платежные карты то нет. С ними можно работать до каких-то пределов по EMV стандарту(например вытащить PAN, иногда некоторые нечувствительные данные по карте и хозяину), а дальше все - авторизация, зашифрованные пэйлоады, отсутствие открытой информации о стандартах, протоколах и самой бизнес логике бесконтактной оплаты которая просто огромная.

>2. Может ли NFC оплата не зависеть от типа платежной системы карты VISA/MC/AmEx/UnionPay?

В какой-то мере она и не зависит, в тех частях взаимодействия где используются общие протоколы и стандарты.