почему звание генерал-майор ниже, чем генерал-лейтенант, ведь майор выше, чем лейтенант?

Потому что генерал-лейтенант был заместителем главнокомандующего, а генерал-майор лишь командиром соединения.
А объяснения смотри здесь

скорее всего мы позаимствовали это звание у немцев - генерал-лейтенант.
а в это время генерал-майор так еще не назывался. а назывался бригадным генералом или бригадиром.
Как известно маразм особенно крепчал. когда в России влюбились во все прусское. И как известно даже простили пруссам взятие русской армией Берлина.
Так что вы зря ищете логику. любовь делает нас слепыми. И мы слепо перенимали все прусское.
И в какой-то момент бригадный генерал стал генералом-майором. А почему, да бог его знает.

Был бы генерал-майор старше генерал-лейтенанта и у него были бы две генеральские звездочки, а у генерал-лейтенанта - одна.
хотя логика подсказывает, что ряд должен быть выстроен так: ..младший лейтенант,. лейтенант, старший лейтенант, капитан, майор; подполковник, полковник, генерал-лейтенант, генерал-майор, генерал-полковник, генерал-армии, ..

наверно писарь оказался под мухой и решили не переписывать а оставить как есть

Сравнение с майором и лейтенантом некорректно: у них разные погоны. Лейтенант - младший офицер - погон с одним просветом. Майор - старший офицер - погон с двумя просветами. У генералов погон одинаковый - дело в количестве звёзд...

кол-во звезд больше.

У лейтенанта 2 звезды на погоне, тогда как у майора 1, поэтому генерал-майор с 1 генеральской звездой младше, генерала-лейтенанта, у которого соответственно 2 генеральские звезды.