Какими факторами можно объяснить формирование столицы России в различное время?

Москва возвысилась при татарах. Московские князья сделали все для сохранения ярлыка. Особенно возвысилась Москва при князе Иване Калите. В это время происходила подготовка нового государственного порядка на фоне прилива русского населения в бассейн реки Москвы. Большую роль в возвышении Москвы сыграло содействие ханов Золотой орды и общественных сил, которые, несмотря на противодействие со стороны других княжеств, все таки отдали пальму первенства Москве.
Второй столицей был Санкт Петербург, основанный Петром Великим. Строительством новой столицы на берегах Невы Петр Великий решил одновременно две политические задачи. Во первых, он приблизил российский центр к развитой в промышленном отношении Северной Европе и превратил Петербург в истинно европейский город.. Во вторых, Петр это сделал это, понимая, что в Петербурге ему легче будет проводить свои преобразования, будучи вдали от отрицательно настроенного к нему. московского боярства.
После победы Советской власти столица вновь вернулась в Москву, поскольку Ленин считал опасным нахождение столицы у самой границы. И еще он хотел начать новую историю страны с новой столицы

Выгодность географического положения на раннем этапе формирования Москвы, как столицы.
Питер, да, "окно в Европу", "отсель грозить мы будем шведу". Приток значительной части населения, и опять выгодность географического положения - выход к Балтийскому морю, давало возможность вести торговлю не через Архангельск, а значительно сократив путь.