С пунктуацией надо разбираться, вникать в правила, а потом ещё и долго упражняться. Кроме того, пунктуацию невозможно усвоить без знаний таких разделов науки о языке, как морфология и синтаксис. Если у Вас с этими разделами всё в порядке, то отлично, если есть проблемы, то рекомендую, кроме школьных учебников, учебник портала gramota.ru – http://gramota.ru/book/litnevskaya.php. Его содержание таково:
Часть 1. Фонетика. Орфоэпия. Графика и орфография
Часть 2. Морфемика и словообразование
Часть 3. Лексикология и лексикография
Часть 4. Морфология. Части речи и образцы их морфологического разбора
Часть 5. Синтаксис. Словосочетание. Предложение. Образцы синтаксического разбора
На этом же портале есть http://www.gramota.ru/class/coach/punct/. Он включает в себя следующие темы:
1. Тире между подлежащим и сказуемым.
2. Обособление согласованных определений.
3. Обособление приложений.
4. Обособление обстоятельств.
5. Обособление уточняющих и пояснительных оборотов.
6. Обособление обращений и междометий.
7. Запятая перед союзом КАК.
8. Знаки препинания между частями бессоюзного предложения.
9. Постановка запятой при встрече союзов.
10. Обособление вводных конструкций.
11. Знаки препинания в предложениях с однородными членами.
12 Передача чужой речи на письме.
13. Знаки препинания при диалоге.
Каждая тема содержит теоретический (правила, примеры) и практический (упражнения) материал. Работать с такими онлайн-упражнениями – одно удовольствие.
Вот, к примеру, я решаю вопрос о постановке тире между подлежащим и сказуемым (привожу только небольшую часть упражнения):

В 3-м, 4-м, 6-м предложениях я ставлю тире, а в 5-м не ставлю. Проверка показывает, что в 6-м предложении я ошиблась: поставила тире там, где его ставить не надо. Навожу курсор на красный прямоугольничек, обозначающий ошибку, – и появляется меню, в котором объясняется суть ошибки.
Кстати, есть здесь и http://www.gramota.ru/class/coach/tbgramota/, построенный по такому же принципу.
Ну и, конечно, полезными будет раздел http://www.gramota.ru/class/coach/idictation/, где предусмотрена работа как по орфографии, так и по пунктуации. Принцип работы тот же, что и в Учебниках ГРАМОТЫ. Вот образец одного из многочисленных интерактивных диктантов:

Ещё рекомендую учебное пособие http://www.hi-edu.ru/e-books/xbook051/01/title.htm
Есть и http://interneturok.ru/besplatnye (это главная страница с перечислением предметов – может, понадобятся уроки и по другим предметам). Синтаксис и пунктуация изучаются в 8 – 9 классах.
http://interneturok.ru/school/russian/8-klass
http://interneturok.ru/school/russian/9-klass
Успехов!