Если я опоздаю на поезд из-за задержки самолета, а билеты куплены заранее, то что можно сделать с этими билетами -

Авиация и ЖД - разные конторы, взаимных обязательств в случаях опоздания нет.
Приехав на вокзал, вы должны сразу подойти к администратору и получить деньги по старым билетам. Доля потерь зависит от категории мест и обычно в пределах 30-50% от общей суммы.
После этого покупаете новый билет и едете дальше.
Затем у вас есть возможность обратиться к авиакомпании с претензией по поводу опоздания, а сумма иска - потери от замены ЖД билетов. Возможно, что придется действовать через суд. Проблема в том, что в авиации момент вылета не входит в перечень существенных условий договора. Если вам вылет задерживают, то авиакомпания рассчитывается натурой (вода, питание, звонки, гостиница) , но расставаться с деньгами они не хотят.

На железных дорогах если поезд опаздывает и вы в связи с этим не успеваете на пересадку, то по прибытии на пункт пересадки нужно идти к начальнику вокзала, он выпишет специальную справку и по ней вам билет переоформят на подходящие рейсы. Думаю, аналогично действует схема и в аэропортах.

обычно сдают с потерей в 25%, смотря на какое время опоздали, а так потеря в деньгах до 50%

Обязательно на авиабилете поставить отметку аэропорта об опоздании самолета. Возможно потери при обмене билета на поезд будут меньше. А билет на поезд можно сдать в любое время. При возврате билета в Ж/Д кассе удержат штраф.