Как найти данные о старой церкви, ныне не существующей?

...Люди тимошкинские всегда колдовством славились, в грехах значит, прозябали. Больше всех в колдовство ударился батюшка - ну Бог-то осерчал и решил покарать его. Ночью наслал молнию - она ударила в церкву, земля разверзлась и ушла церковь вся в яму. Утром глянули люди - а церкви нет, только озеро. Вода в нем святая. Мужики говорили, что слышали как колокола звонят перед ненастьем... .

Давайте уточним понятие ЛЕГЕНДА:
Легенда - одна из разновидностей несказочного прозаического фольклора. Поэтическое предание о каком-нибудь историческом событии. События в легенде нередко преувеличиваются, добавляется много вымысла.

Так что легенда о Святом озере - это и есть легенда - историческое событие обросщее слухами....

теоретически - ехать в архив и искать старые карты этой местности
можно попробовать поискать изображение на фото живописцев того времени (если церковь и правда существовала)
Но в целом - таких Святых озер даже по России не одна штука (наберите в поисковике) . Нужно искать корни легенды скорее всего или верить в такие предположения, что 1. ранее небольшие церкви/часовни были деревянные 2. их строили на возвышенном месте/пригорке 3. если предположить, что изначально - область округ такого пригорка подтопило, а потом со временем - церковь просто разрушилась и "ушла под воду" - в целом вполне реальная картина получается.