Имеет ли право агент не возвращать полную стоимость авиабилета, если возврат не по нашей вине?

Если это разрозненные рейсы, то не имеете.

Если не сама авиакомпания скомпоновала стыковочный рейс из двух отдельных, а Вы сами скомпоновали стыковку из двух отдельно взятых рейсов, то они никак не связаны и вторая авиакомпания не несёт ответственности за то что первая отменила рейс и сделала для Вас невозможной стыковку.

Но если первая авиакомпания ПРИСТОЙНАЯ (Вы от нас утаили что это за авиакомпания), не какая нибудь Райанэйр и пр. помойка с крылышками, то она в случае отмены рейса должна отправить Вас рейсом другой авиакомпании. Т. е. должна решить проблему по отправке Вас если тока речь не о Китае.

Билет единый ?

Агент лишь выступает посредником. Вторая авиакомпания не отвечает за первую и не обязана отменять вам билет, а агент не станет вам возвращать деньги с собственных средств.
Можете добраться до пункта пересадки другими авиакомпаниями. Можете обратиться непосредственно во вторую авиакомпанию с просьбой войти в положение и отменить билет (если первый рейс отменили из-за коронавируса, например, то компания может пойти навстречу).
Если до рейса осталось мало времени (в каждой стране срок свой), то можете потребовать, чтобы отменившая рейс авиакомпания доставила вас к пункту пересадки с помощью других рейсов за свой счёт.

Вы принимали риск, покупая разные билеты. Надо было запрашивать один билет. Например, Саратов-Пхукет. Возможно и дешевле бы было даже. Например, Скайсканнер на некоторые пересадки предупреждает-Самостоятельная стыковка.
У кого вы собрались требовать?
У вас полёт уже сорвался или есть время купить новый билет Туда?. Купите и успокойтесь. Ведь если бы вы опоздали на первый рейс единого билета, то отменились бы остальные 3 сегмента-туда и все обратно.

что за агент в покупке авиабилета?