Может ли быть вся наша Вселенная - как бы - ядром атома - который в еще большей молекуле, которая в составе живойклетки?

Такие теории уже есть.

Все же вероятнее всего - считать Вселенную не "ядром атома", а некоей "клеткой" своего рода - "суперорганизма", хотя это определение - очень упрощенное и натянутое...

Так оно и есть.
P.S.: читайте книги Секлитовой Л. А. и Стрельниковой Л. Л. и многое станет ясным.

Очень может быть.
Если Вы изучите Буддийскую Космологию..
То найдёте информацию о Высших Существах, которые живут на более Высоких уровнях мироздания.
Что интересно, в святых Буддийских сутрах описаны такие характеристики этих существ как Продолжительность жизни и Размеры.
Т. е. для Высших существ люди будут выглядеть как насекомые или как микробы, а для Людей Высшие Существа представляются как Гиганты Исполины, размером с Высочайшие горы или даже превосходящие эти размеры.
Рассмотрим ради интереса как пример Небеса Великого Брахмы, которые по моим понятиям превосходят мир людей на 7 ступеней.
Каста Жрецов Брахмы:
Жрецы Брахмы Брахмапурохита (Brahmapurohita, тиб. tshangs.'khor ) — мир «министров Брахмы», существ, спустившихся из мира Абхасвара, они — товарищи Великого Брахмы после того, как он проведёт некоторое время в одиночестве. Так как они возникли в процессе желания Брахмы создать себе компаньонов, они уверены, что Великий Брахма — их создатель и господин. Они ростом в йоджану и проживают половину кальпы (по вибхаджьяваде) или целую кальпу (сарвастивада). Если они родятся потом в низшем мире, они могут частично вспомнить своё предыдущее рождение и учить доктрине о Брахме как Создателе, как подтверждённой истине.
У них рост - 1 йоджана = 32 000 хаста = 13824 м = 13.824 км.
А продолжительность жизни десятки миллиардов или сотни миллиардов лет.
Поэтому вполне можно представить Наш мир как всего лишь небольшую клеточку в Огромном Живом организме, именуемом Мироздание.

начините с того, что наша вселенная это сон

Да, примерно так и есть.

не может, не имеет смысла настолько усложнять ядро атома, да и какие ресурсы нужны для рекурсивных вычислений неизвестной глубины

может

в каком нибудь коте