Как грамотно определить участие в бизнесе двух партнеров?

Я понял так, что это два учредителя одного ООО. Если так, то всё очень подробно нужно расписать в договоре учредителей. Все мыслимые ситуации и немыслимые. В том числе, нужно не стесняясь, расписать порядок раздела бизнеса.
Если это два ИП, то есть такой оригинальный метод. Можно "создать" ООО на бумаге, не регистрируя его, и договориться о своих долях. И помимо своих личных учетов, еще вести бухучет в компьютере, например, в 1С, так, будто бы у них есть ООО.

То, что партнеры не друзья, это хорошо. Отношения должны быть формализованными. Друзья часто смешивают личные отношения и деловые, не могут провести грань между ними. Часто разграничить такие отношения между друзьями, вообще невозможно.
То, что у них четкое разделение труда, это тоже хорошо. Меньше будут спорить и ругаться.

можно изначально определить % разделения прибыли, обговорить на бумаге определенные бонусы, но скажу по опыту, больше 5-7 лет такие отношения не выдерживают, перестают улыбаться после трех лет совместной работы.

форма собственности какая? ООО? все взаимоотношения прописываются в уставе, протоколах, решениях, приказах. для правильного расчета прибыли и её распределения нужен достоверный учет доходов-расходов. прибыль распределяется на основании решения учредителей в размере, который определят общим собранием и пропорционально долям в уставном капитале...

Один хозяин бизнеса, второй у него на работе.