Каким методом платить зарплату менеджеру от прибыли. Если по факту идет убыток по деньгам

У вас явно неправильный подход к ведению бизнеса.
Ваши затраты - как владельца - включают не только вложения в товар, а и зарплату персоналу, аренду, налоги - пока все это не будет окупаться.
Не будете платить зарплату (и достойную) - от вас уйдут сотрудники - сами сможете за всех работать?
Ну и делайте выводы насчет будущих закупок - нефиг покупать то, что потом не продается

Выставлять цену на товар ту, которая сможет окупить все твои затраты, либо увольнять менеджера

Стой сам за прилавком.

Ужас...

Менеджер выполняет свою работу, и он должен получить за неё оплату, по идее математика рентабельности его волновать не должна. Вопрос в том насколько он будет мотивирован работать, если он будет получать меньше, не снизится ли рентабельность из-за этого ещё?
А ещё я сталкивался с таким приколом, что менеджерам не дают видеть закупочную цену товара, а ставят некую цифру, к примеру розничная цена товара или оптовая цена товара и от этой суммы он получает бонус, а разницу между закупочной и розничной он не знает, то етсть это может быть и 10% и 200% получается этим срезается с менеджера заслуга того, что он дешёвый товар продал дорого и соответственно бонус он получит только от своей стоимости, которую он видел, а остальная в полностью идёт в доход компании. Меняя значения цены от которой менеджер получает бонус, можно для разных товаров выставить разный бонус для него.

Отчет надо смотреть по продажам товара, так как менеджер не является вашим партнером (соучредителем) по бизнесу.

а менеджеру и не надо платить от прибыли. Ему надо платить от превышения показателей. А если он постоянно норматив минимальный не выполняет, то увольнять...
Речь идет о сейлз-менеджере?

Так закупкой столько, сколько резко можешь продать, твоя вина что деньги подвисли.