В книге «Открытие тамплиеров» Клайв Принс и Линн Пикнетт утверждают,
что несколько элементов структуры «Тайной вечери» свидетельствуют о зашифрованных в ней символах.
Во-первых, они считают, что фигура по правую руку от Иисуса (для зрителя она находится слева) — не Иоанн, а некая женщина. На ней одеяние, цвет которого контрастирует с одеждами Христа, она наклонена в противоположную сторону от Иисуса, сидящего по центру. Пространство между этой женской фигурой и Иисусом имеет форму буквы V, а сами фигуры образуют букву М.
Во-вторых, на картине, по их мнению, рядом с Петром видна некая рука, сжимающая нож. Принс и Пикнетт утверждают, что эта рука не принадлежит никому из персонажей картины.
В-третьих, сидящий непосредственно слева от Иисуса (справа — для зрителей) Фома, обращаясь к Христу, поднял палец. По мнению авторов, это типичный жест Иоанна Крестителя.
И наконец, существует гипотеза, что сидящий к Христу спиной апостол Фаддей — на самом деле автопортрет самого Леонардо.

ТАЙНАЯ ВЕЧЕРЯ
Сидят тринадцать за столом.
Была в тот день вечеря тайной,
И Дух Святой своим крылом
Грехи прикрыл-концом печальным.
Прощались, бледные как мел,
Его Апостолы-пророки,
И среди них Иисус сидел-
Посланник Бога одинокий.
Не за свои судим грехи,
Жил на Земле с душою чистой,
А за духовные стихи,
Что фарисеям ненавистны.
Приговорил Его Пилат
К мученьям на Крестовой плахе.
Горит огонь семи лампад,
Их отблеск на Его рубахе.
Из-под гвоздей по капле кровь
На землю под ноги стекает.
Чрез муки Божия любовь
В людские души проникает.
Его Звезда давно потухла,
Но не угасший её след
Всепобеждающего Духа
Оставил освящённый свет.
Склоняясь низко перед Духом,
Народы праведные мукам
Не обрекают тем себя,
В своих грехах других виня.
(автор)