при восстановлении пасрорта не вписали детей мотивируя тем, что на свидетельствах нет отметки о гражданстве, законно ли?

А о чем вообще сыр-бор?
Запись о детях не является обязательной: хотите - вписываете, не хотите - не вписываете.. .
Смысла в этой записи я не вижу ни на грамм!

Для того, чтобы выяснить правомерность данного шага сотрудников ФМС, необходимо знать что записано в свидетельстве о рождении ребенка. Если там указано, что мама-гражданка РФ, папа-гражданин РФ, то вам обязаны сделать запись в паспорте без предоставления иных документов.
Если хотя бы одна из записей отсутствует-увы, только после предоставления подтверждающих документов.
Это связано с тем, что в настоящий момент запись о ребенке заверяется печатью и подписью должностного лица и подтверждает гражданство ребенка.

Что значит "нет отметки"? По Закону о гражданстве, если оба родителя - граждане РФ, ребёнок, рождённый в их браке, автоматически становится гражданином РФ. Наши чиновники правда придумали какую-то "справку о гражданстве", но никто мне так и не ответил, каким законом она введена. Сейчас кажется про неё забыли...

Отвечаю по существу.
(1) Гражданство ребенка следует все равно удостоверить.
(2) Чтобы понять как это сделать, следует ознакомиться с
(а)
Федеральный закон "О гражданстве РФ"
(б)
УКАЗом ПРЕЗИДЕНТА РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ОБ УТВЕРЖДЕНИИ ПОЛОЖЕНИЯ
О ПОРЯДКЕ РАССМОТРЕНИЯ ВОПРОСОВ ГРАЖДАНСТВА
РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
(в)
ФЕДЕРАЛЬНАЯ МИГРАЦИОННАЯ СЛУЖБА.
ПРИКАЗ от 19 марта 2008 г. N 64
ОБ УТВЕРЖДЕНИИ АДМИНИСТРАТИВНОГО РЕГЛАМЕНТА
ИСПОЛНЕНИЯ ФЕДЕРАЛЬНОЙ МИГРАЦИОННОЙ СЛУЖБОЙ ГОСУДАРСТВЕННОЙ
ФУНКЦИИ ПО ОСУЩЕСТВЛЕНИЮ ПОЛНОМОЧИЙ В СФЕРЕ РЕАЛИЗАЦИИ
ЗАКОНОДАТЕЛЬСТВА О ГРАЖДАНСТВЕ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

Документы можете посмотреть, скачав их в формате Microsoft Word, вот напримре с этой страницы (найдя по названиям)
http://ufms.tomsk.gov.ru/html/norm-dok.htm

(3) Если местонахождение отца ребенка неизвестно, то у Вас следующая схема действий :
В регламенте расписаны различные действия в зависимости от того, на основании какого пункта ФЗ "О гражданстве РФ" ребенок приобрел гражданство. Т. е. смотрите сам ФЗ "О гражданстве РФ" -ссылка на него на той же странице вверху
Статья 12. Приобретение гражданства Российской Федерации по рождению
1. Ребенок приобретает гражданство Российской Федерации по рождению, если на день рождения ребенка:
б) один из его родителей имеет гражданство Российской Федерации, а другой родитель является лицом без гражданства, или признан безвестно отсутствующим, или место его нахождения неизвестно (независимо от места рождения ребенка) ;

И далее идем в адм. регламент

Удостоверение наличия у ребенка гражданства Российской
Федерации (пункты "а", "б", "в" части первой статьи 12,
части 2, 4 статьи 26 Федерального закона)

21. Данная функция исполняется по устной просьбе родителя (родителей) или законного представителя ребенка в возрасте до 14 лет, приобретшего гражданство Российской Федерации по рождению, в день обращения (пункт 45.3 Положения) .
21.2. Для исполнения государственной функции необходимо обращение заявителя в структурное подразделение территориального органа по месту жительства, месту жительства или рождения ребенка, месту нахождения ребенка в соответствующем учреждении, а при отсутствии места жительства - по месту фактического проживания заявителя (ребенка) .
21.3. Заявитель представляет документы, удостоверяющие личность и гражданство обоих родителей (единственного родителя) , и свидетельство о рождении ребенка. Наличие единственного родителя либо признание второго родителя безвестно отсутствующим или лицом, место нахождения которого неизвестно, подтверждается документами, указанными в подпункте 45.6 Положения.
21.4. Основаниями для отказа в исполнении данной функции являются отсутствие у ребенка гражданства Российской Федерации по рождению или непредставление необходимых документов.

Из Указа Президента (п. 45.6 Положения) :

45.6. Наличие у ребенка единственного родителя подтверждается исходя из соответствующих обстоятельств решением суда о признании другого родителя умершим или безвестно отсутствующим либо о лишении его родительских прав, или свидетельством о смерти другого родителя, или заявлением, составленным в произвольной форме, об отсутствии у одного из родителей сведений о месте нахождения другого родителя, или свидетельством о рождении ребенка, в котором отсутствуют сведения о другом родителе, или справкой о рождении, подтверждающей, что сведения об отце ребенка внесены в запись акта о рождении на основании заявления матери ребенка.

Обратите внимание на ИЛИ в п. 45.6.
======
Так что вперед, все выложил на блюдечке.
Если что непонятно - спрашивайте.

А разве на свидетельствах ставят штамп о гражданстве? С каких это пор завелось? Достаточно того, что в нём записано где родился, в какой стране, области, районе, городе (селе).

Незаконно это, а в свидетельстве о рождении детей указана национальность и папы и мамы. Что еще им надо? Не вписывают в паспорт детей, достигших 16-летия.

В ваш паспорт их должны вписать. А если дети имеют иное гражданство, то они не становятся не вашими детьми. Это бред. Сведения о гражданстве отца необходимо только для установления гражданства ребенка. В данном случае, вопрос не о гражданстве детей, а о том, что необходимо вписать детей в доказательство того, что они ваши дети. Для этого не нужно знать из гражданство.