можно оформить регистрацию на место пребывания(так называемую "временную прописку") в собственной квартире?

Все блестящие умом меркнут на фоне блеска ума начальницы. Спросите ее, штраф освобождает от обязанности регистрироваться? Если нет-то пусть регистрирует. По месту пребывания или по месту жительства-это Ваш выбор. Может Вы еще пару квартир купите, и тогда выбирать место жительства будете. Пишите в протокол, что не проживали по указанному адресу, протокол составили при обращении за регистрацией после вселения не по месту выявления нарушения, по адресу ФМС, с правами не ознакомили, вынуждали оплатить штраф без вынесения постановления, в защите отказано. Можно и жалобу в прокуратуру о превышении полномочий. Поиграйте у них на нервах, может и штраф не присудят. А присудят-будет выбор. Обжаловать или платить.

Регистрация является ОБЯЗАННОСТЬЮ граждан, независимо от того, в чьей квартире вы пребываете.
Так что блещи не блещи умом - но факт остается фактом.

Первый совет:
Нажимаете кнопочку "Спрашивайте! " вверху страницы на зелёном фоне, затем, заполняете все поля и выкладываете грамотно оформленный вопрос со всеми дополнениями и комментариями
Второй совет:
От количества вопросов качество ответов не увеличивается.

Вы обязаны оформить регистрацию по месту пребывания в том жилом помещении, в котором вы временно пребываете более90 дней. Кто собственник помещения - на обязанность не влияет. Временное пребывание в собственном жилом помещении не освобождает вас от обязанности регистрироваться и от ответственности за невыполнение этой обязанности.

приобрели квартиру, получили свидетельство о праве собственности, но это не означает, что вы обязаны регистрироваться в этой квартире
обязанность возникает после вселения в эту квартиру
будут составлять протокол, а вы пишите, что НЕ вселялись в квартиру, а делали ремонт проживая в загородном доме