Вопрос о получении гражданства РФ.

а зачем Вам РВП?
Вы можете приобрести гр. РФ в упрощенном порядке (ч. 1. ст. 14 ФЗ О Гражданстве РФ". т. д. по отцу.
Для этого Вы должны обратиться в Консульстве России в Кишинёве.

В упрощеной системе получит гражданство получиться только после того как Вы окончите ВУЗ или должны были родиться на территории РФ. Вам правильно отказали, Вы идете в общем порядке, если у Вас есть РВП то через полгода подавайте на ВНЖ имеющиеся плюсы Вам на руку!

при чем тут консульство РФ в Кишиневе, если вы учитесь в Москве:) )
подать на ВНЖ Вы можете только через 1 год после получения РВП!
И "УПРОЩЕННЫЙ ПОРЯДОК ПОЛУЧЕНИЯ ГРАЖДАНСТВА" - это не значит, что Вы пошли и при наличии основания (отца-гражданина РФ) получили на следующий день гражданство. Нет! Это значит, что Вы идете, как и все, получать РВП, потом Вид на Жительство, и только потом Вы СРАЗУ ЖЕ, а не через 5 лет после получения Вида на жительство, идете подавать на гражданство. Такие дела)) ) Те, кто с этим не сталкивалсяь, считают, что это раз - и все, пошел и получил. Нет, к сожалению.. .

Вот, внимательно прочитайте:
ФЗ "О гражданстве РФ" от 31.05.2002 N 62-ФЗ
Статья 14. Прием в гражданство РФ в упрощенном порядке
1. Иностранные граждане и лица без гражданства, достигшие возраста восемнадцати лет и обладающие дееспособностью, вправе обратиться с заявлениями о приеме в гражданство Российской Федерации в упрощенном порядке без соблюдения условий, предусмотренных пунктом "а" части первой статьи 13 настоящего Федерального закона, если указанные граждане и лица:
а) имеют хотя бы одного родителя, имеющего гражданство Российской Федерации и проживающего на территории РФ; -----Ваш отец имеет гражданство РФ. А проживает ли он на территории РФ? Вы про это не сказали. Если не проживает, то может поэтому Вам в ФМС сказали, что Вы идете по общей схеме? А если проживает в РФ, то без проблем, упрощенная схема подходит.
в) являются гражданами государств, входивших в состав СССР, получили среднее профессиональное или высшее профессиональное образование в образовательных учреждениях Российской Федерации после 1 июля 2002 года. -------------Молдавская ССР входила в СССР, Вы получите высшее образование в РФ - значит, тоже подходит упрощенная схема. Но по ней подавать именно "на гражданство" можно будет, когда будет диплом на руках. А на РВП и на вид на жительство можно спокойно до этого подавать.

В упрощенном порядке - это значит "без соблюдения условий, предусмотренных пунктом "а" части первой статьи 13 настоящего Федерального закона", то есть:
Статья 13. Прием в гражданство РФ в общем порядке
1. Иностранные граждане и лица без гражданства, достигшие возраста восемнадцати лет и обладающие дееспособностью, вправе обратиться с заявлениями о приеме в гражданство РФ в общем порядке при условии, если указанные граждане и лица:
а) проживают на территории Российской Федерации со дня получения вида на жительство и до дня обращения с заявлениями о приеме в гражданство Российской Федерации в течение пяти лет непрерывно.. . (дальше не относится к Вашему случаю) .

Т. е. в упрощенном порядке - это значит, что после получения вида на жительство можно будет СРАЗУ ЖЕ, А НЕ ЧЕРЕЗ 5 ЛЕТ, подавать на гражданство.

А чтобы получить вид на жительство, надо:

(по Федеральный закон от 25.07.2002 N 115-ФЗ (ред. от 28.07.2012) "О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации")
Статья 8. Постоянное проживание иностранных граждан в Российской Федерации

1. В течение срока действия разрешения на временное проживание и при наличии законных оснований иностранному гражданину по его заявлению может быть выдан вид на жительство. Заявление о выдаче вида на жительство подается иностранным гражданином в территориальный орган ФМС не позднее чем за шесть месяцев до истечения срока действия разрешения на временное проживание.
2. До получения вида на жительство иностранный гражданин обязан прожить в Российской Федерации не менее одного года на основании разрешения на временное проживание.
Т. е. чтобы получить вид на жительство, надо 1 год прожить с РВП, которое Вы сейчас получаете. Т. е. общая схема: получить РВП - прожить с ним 1 год - подать на вид на жительство (рассмотрение до 6 месяцев) - получить вид на жительство - подать на гражданство (рассматривать тоже будут до 6 месяцев) .
То есть Вы действуете правильно:)) )
Удачи Вам и терпения)